荔枝根系因苗木繁殖方法不同而異。實生樹及嫁接樹有發達的主根；高壓（圈枝）繁殖的荔枝側根須根發達，沒有主根。荔枝的根系由很多粗壯發達的側根和纖細茂密的細根所組成，初生的幼根白色，肉質，質脆易斷，俗稱“豆芽根”。老根呈灰褐色。荔枝根系與真菌共生，形成菌根，為總狀分枝式。