益生菌進入畜禽腸道內，在其復雜的微生態環境中與近400種正常菌群會合，顯現出棲生、互生、偏生、競爭或吞噬等復雜關系，因此，研究益生菌的作用機理難度很大，當前對其作用機理的認識，可歸納為以下幾點：：

①抗菌效應，加大腸道內有益菌的比例，使有害菌的比例降低。由于益生素所含的菌體對致病菌的拮抗作用，而使致病茵的生長受到抑制。

②為動物提供多種對其生長發育有益的物質，如維生素、氨基酸，淀粉酶、蛋白酶等消化酶類，以及其它促生長物質。

③影響免疫系統，刺激動物腸管免疫系統細胞，提高局部免疫機能及抗病能力。

④抑制腸道疾病，減少氨及其它腐敗物質的生成、阻礙腸內細菌產生生物胺、吲哚和大腸桿菌內毒素等毒性物質。

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