種子經營國家實行的是經營許可制度，因此在購買種子時應注意審查銷售者提供的經營許可證，并留存種子標簽、包裝袋。應索要并妥善保管購買種子的票據，以證明種子的來源及購銷法律關系的實際存在。大量購買、種植面積較大的農戶，可封存少量樣品。種子種下后，若發現受害征兆，應及時用攝影、取樣等方法保留證據。
因種子案件的特殊性，有的證據極易滅失，如不及時固定，法院屆時極難查明。因此，質量問題一旦發生，應立即對質量、損失等問題提交有關機構鑒定，作出權威結論，并及時向種子生產者、銷售者甚至是出具虛假檢驗證明的種子質量檢驗機構提出索賠或向人民法院提出訴訟。《消費者權益保護法》規定，消費者或者其他受害人因商品缺陷造成人身、財產損害的，可以向銷售者要求賠償，也可以向生產者要求賠償。一旦發生產品質量糾紛，在協商不成的情況下應及時提起訴訟，以免耽誤時效和取證時間。由于大部分農民購買種子不是直接從生產者手中購買，因此造成損失時，最后出售商一定是完全責任人。
胡國杰律師還特別提醒，對于購買農民自繁、自用剩余的種子，因現行法律、管理措施并不完善，應當慎之又慎，特別是購買數量較大的，更應如此。
