由于蔬菜棚內生態環境較為特殊，一年四季都很適宜各種病蟲害的發生。要有效地防治病蟲害，培育生產出優質安全的無公害綠色蔬菜，就必須科學，正確地使用農藥。
1、正確選藥每種農藥都有一定的防治范圍和防治對象。所以在使用前要了解每種農藥的性能和使用方法，根據棚內病蟲發生特點和對象正確選擇農藥，做到有的放矢。
2、適時用藥根據病蟲害發生規劃規律，應在病蟲害發生初期施藥。考慮到棚內溫暖潮濕的環境，不宜在陰雨天或溫度高的情況下噴藥，以防止棚內濕度過高的情況下噴藥，降低藥效。同時也不要在高溫條件下，使用硫制劑防治瓜類及蔬菜病害，以免發生藥害。
3、輪換用藥要依據不同類型，不同作用機制的農藥交替使用。各種農藥的作用機制不同，如果注意輪換作用，就可避免或延緩病蟲害抗藥性的產生。
4、安全用藥在蔬菜生產中應選用高效、低毒、低殘留的農藥品種，切忌隨意增加藥液濃度，用藥次數不能過多，嚴格按間隔期用藥，以防止蔬菜出現藥害。同時要嚴格禁止在蔬菜上使用高毒、劇毒農藥，提倡使用生物農藥，生產無公害蔬菜，保證消費者的身體健康。
