天然雜交辣椒為常異交作物，自然雜交率在10%以上，在開花授粉期，由于昆蟲的傳粉而發生天然雜交，一般情況下，一塊地不會種植一個品種，可能會種植許多個品種，這樣就很容易引起天然雜交，產生大量品種間雜交種子，雜交種子不穩定，變異性大，導致良種退化。
機械混雜辣椒經播種、育苗、移栽、定植到采收、晾曬等過程中，由于工作程序多，這就容易使不同品種間的種子相互混雜，使良種的純度降低，這也是目前良種混雜退化的原因之一。
自然環境的選擇良種在自然環境下生長會產生。些不良變異，這些不良變異在不進行人工選擇去雜的情況下，會逐漸增加，從辣椒的一些重要性狀看，自然環境選擇和人們對良種的要、求是不一致的，這也是辣椒良種容易發生退化的又一原因。
主要防止方法
加強人工選擇，做好良種培育和繁殖實行三圃制，即采用株行圃、株系圃、原種圃的三圃制選種繁育方法，可生產優質原種；實行種子田繁育種子選種法，這樣也可以每年獲得良種；采用田間簡易選種法，在田聞豐產性狀好的田塊進行優良單株的選擇，然后混收留種，這樣也可提高種子的純度。培育和繁殖都要在良好的栽培條件下進行選擇生長發育健壯、田間純度高的辣椒田作留種田，嚴格除雜去劣。
防雜保純盡量堅持一塊地一個品種的原則
不同品種種植間隔至少要500米以上，以減少昆蟲傳粉所引起天然混雜。從種到收，要嚴格每一環節，防止機械混雜，確保良種的純度。做好種子的選擇和貯藏辣椒良種采收后，要及時選擇除去不良種果，種子不能放在水泥地上在陽光下晾曬，否則會降低種子發芽率；裝袋時1種子含水量要達到8%以下；種子要貯藏在通風、干燥、陰涼處。
