一是棉花種子的準備 首先選擇飽滿成熟的棉花種子。飽滿成熟的棉花種子種皮結構致密而堅硬，外有蠟質可防御外界溫、濕度的影響，種皮內含有約7.60%的鞣酸物質，具有一定的抗菌作用，貯藏性好，未成熟的棉花種子不耐貯藏。所以應選擇霜前花的棉子做種用貯藏。其次是剔除破損粒、霉爛粒、病蟲粒等不健康的棉花種子。嚴格控制棉花種子入庫指標。棉花種子安全入庫標準為：水分不超過11%-12%，凈度不低于 99.5%，發芽率在80%以上。這三項指標中有一項達不到即為不合格棉花種子，不能入庫貯藏。
二是倉庫的準備 首先應對倉庫全面檢查，確定倉庫門窗關閉是否靈活，隔熱和密封效果是否完好，監控倉庫溫、濕度的儀表是否能正常工作等。其次是清倉和消毒。清倉和消毒是防止品種混雜和病蟲孳生的基礎。清倉不僅將倉內不同品種的棉花種子、雜質、垃圾等全部清除，還要清理倉具、輸送管道以及鏟除倉外的雜草等。空倉消毒可用敵百蟲或敵敵畏等處理。
棉花種子貯藏期間的管理工作
濕度檢查 入冬以后，水分在11%以下，每隔5天至10天檢查1次。12%以下則應每天檢查。濕度檢查應在倉內的不同方位、不同層次定時定點進行。
通風 必須根據倉庫內外的溫度和相對濕度而定。當外界溫、濕度均低于倉內時，是通風的最佳時機，此時通風既可降溫又可排濕；當倉外溫度與倉內溫度相同、而倉外濕度低于倉內或倉內外濕度基本相同，或倉外溫度低于倉內時，也可以通風，前者以散濕為主，后者以降溫為主。
定期檢測 棉花種子質量棉花種子貯藏期間要定期檢查棉花種子質量，以便及時了解棉花種子的貯藏情況，檢測通常包括棉花種子發芽率試驗、水分測定、游離脂肪酸測定，如發現問題應及時解決。
防火 棉子有短絨，本身含油量又高，遇到火種就容易引起燃燒。所以要嚴禁火種接近棉花種子倉，倉庫周圍也不要堆放易燃品。
二是倉庫的準備 首先應對倉庫全面檢查，確定倉庫門窗關閉是否靈活，隔熱和密封效果是否完好，監控倉庫溫、濕度的儀表是否能正常工作等。其次是清倉和消毒。清倉和消毒是防止品種混雜和病蟲孳生的基礎。清倉不僅將倉內不同品種的棉花種子、雜質、垃圾等全部清除，還要清理倉具、輸送管道以及鏟除倉外的雜草等。空倉消毒可用敵百蟲或敵敵畏等處理。
棉花種子貯藏期間的管理工作
濕度檢查 入冬以后，水分在11%以下，每隔5天至10天檢查1次。12%以下則應每天檢查。濕度檢查應在倉內的不同方位、不同層次定時定點進行。
通風 必須根據倉庫內外的溫度和相對濕度而定。當外界溫、濕度均低于倉內時，是通風的最佳時機，此時通風既可降溫又可排濕；當倉外溫度與倉內溫度相同、而倉外濕度低于倉內或倉內外濕度基本相同，或倉外溫度低于倉內時，也可以通風，前者以散濕為主，后者以降溫為主。
定期檢測 棉花種子質量棉花種子貯藏期間要定期檢查棉花種子質量，以便及時了解棉花種子的貯藏情況，檢測通常包括棉花種子發芽率試驗、水分測定、游離脂肪酸測定，如發現問題應及時解決。
防火 棉子有短絨，本身含油量又高，遇到火種就容易引起燃燒。所以要嚴禁火種接近棉花種子倉，倉庫周圍也不要堆放易燃品。
