原種和栽培種成品體積大數量多，專業菌種場應建專門冷庫用于菌種貯藏，通常菌種的貯藏溫度在1℃，在1℃條件下，菌種可整個包裝進行貯藏2~3月。非專業菌種場和個體食用菌栽培者要盡量創造低溫、潔凈、干燥、黑暗的條件，保藏暫時不用的原種和栽培種。原種和栽培種長滿后，在室溫下可自然貯藏10~15d，不影響使用效果，如超過這個期限，則需要創造條件貯藏。原種和栽培種貯藏要注意如下幾點：一、場所潔凈、干燥、通風、避光。二、不要與化肥、農作物等生產物資混放，以防對菌種產生不良影響。三、貯藏場所要盡量減少或避免人事活動和出入。四、菌種不可堆積亂放，要適當分散，以利散熱、散濕。五、貯藏期間不要中途改變場所，以減少搬運而造成的破損和污染。六、場所使用前要進行滅蟲處理，以免害蟲浸襲菌種而造成菌種損失和栽培期間的蟲害。
