為害水稻的惡苗病、干線蟲病、稻瘟病、紋枯病、白葉枯病和胡麻斑病等多由種子和土壤侵染傳播。水稻種子上帶有很多病原菌，可在稻株生長不同時期、階段，表現出各種不同的病害癥狀。由種子傳染的有惡苗病、干線病。惡苗病主要以種子過冬，種子萌芽后，侵染幼苗莖基部傳病；而由土壤侵染傳播的有紋枯病、稻瘟病、白葉枯病等。其中紋枯病發生面積最大，發病率最高，受害田減產率最高達50%以上，其主要以殘留在土壤中的菌核越冬傳病。種傳病害發生后，對稻株的生長、發育、產量、品質都有不同程度的影響，其次，因稻種帶菌（病），是引起稻株發病的初（始）次浸染源，在生長季節，可引發病害的再侵染、發生、蔓延、危害。
在傳統上，對種傳病害的防治，現階段們們一直采用在播前進行種子處理來消滅種傳病害，并使種子和幼苗免遭土傳病害和害蟲的為害。用于種子處理的殺菌劑種子處理的殺菌劑種類很多，有無機的和有機的、揮發性的或非揮發性的、內吸的或非內吸的。經配制后以粉劑、水溶性粉劑、可濕性粉劑、乳劑、液劑或懸浮劑施用。一個好的種子處理劑不應留下任何影響種子發芽、幼苗發育、植株生長和產品的有害殘留物。
我國從50年代就開始利用藥劑浸種、拌種來防治地下害蟲和苗期病害。80年代起便開始對水稻種子進行包衣處理，以便促進水稻種子對土壤和肥料中氮的吸收及防治苗期病蟲害。大量的調查和試驗都表明，經過藥劑浸種、拌種或包衣處理過的稻種，既能防止或減少種子和土壤傳染病菌引起的種子腐爛、幼苗枯萎、猝倒病及其它病害所造成的損失，提高了產量，又節省了大量的人力、物力、稻種用量和時間。
下面就水稻種子處理的方式、使用的主要藥劑及其防治病害的情況，敘述如下：
1拌種
1.1美國有利來路化學工業公司研制出的衛福（有效成分：萎銹靈、福美雙）40%懸浮劑，主要用于防治水稻立枯病（160～200g/hm2），惡苗病（120～160g/hm2）。
1.2法國羅納普朗克公司研制出的銳勁特（有效成分：氟蟲腈）5%拌種劑，主要用于水稻稻飛虱、稻縱卷葉螟、稻薊馬、稻癭蚊（80～160g/100kg種子，雜效稻：20～40g/kg，常規稻）。
1.3美國富美實公司研制出的好年冬（有效成分：丁硫克百威，35%種子處理劑，用于防治稻薊馬（210～400g/100kg種子），稻癭蚊（600～800g/100kg種子）。
以上三種國外種子處理劑品種，雖然在我國獲得登記，但其價格高，很難在國內大面積推廣。
1.4中國專利（CN1064588）提出多?福合劑殺菌劑（其有效成分多菌靈10%～50%，福美雙50%～10%），主要用于防治稻瘟病、胡麻斑病等（50g/100kg）。
1.5遼寧省農科院植保所稻病研究室研制出的高效、廣譜復合殺菌劑“菌病清”（40%可濕性粉劑50g/10～13kg種子），主要用于防治苗期病害，對水稻惡苗病、立枯病、青枯病、猝倒病有特效，同時具有促根壯秧、抗低溫冷寒作用。
上述兩種種子處理劑品種皆含有多菌靈成分，目前已發現惡苗病等對多菌靈產生了抗藥性，所以在已有抗藥性菌株的地區應用多菌靈及其復配制劑，其防治效果已明顯下降。
1.6吡蟲啉拌種對水稻種子發芽、出苗均無不良影響，對稻薊馬有很高殺蟲活性，并且持效期長，播后46天卷葉率防效仍在95%以上。此外，對秧苗素質的提高有促進作用，這究竟是刺激生長的直接作用，還通過控制稻薊馬發生和危害達到間接提高秧苗素質的作用，有待進一步研究。
2浸種
2.1中國專利（CN97100851）提出TCCA（三氯異氰尿酸）——殺菌消毒劑。先用干粉占種子量的0.2%拌種后貯藏，在播種前再用TCCA500～300倍液浸種12～36小時。藥粉拌種處理144～166天的發芽率比對照高6%～12%，經田間調查表明，對細菌性條斑病、棉腐病、稻瘟病、惡苗病、紋枯病的防效達88%～100%。
2.2中國專利（CN1096158）提出稻種消毒劑（其中有效成分為4-（2，2-二氯-1，3-苯并二氧雜戊環-4-基）吡咯-3-腈和5-乙基-基-5，8-二氫-8-氧代[1，3]二氧雜戊環基-[4，5-g]喹啉-7-羧酸），在很大低濃度下（7.9ga.i./1000kg種子），對水稻惡苗病、稻瘟病、葉斑病有著相當高的防效。
2.3日本宇部興產公司和日本北興化學工業公司共同開發出的咪唑類種子殺菌劑稻瘟酯，對防治惡苗病、稻瘟病和胡麻葉斑病舊有成效（200倍液，防治率98%以上）。雖然苯并咪殺菌劑與福美雙制成混合制劑已大面積廣泛用于防治上述病害，但長期的使用，致使出現串珠鐮孢耐苯并咪唑菌株，造成苯并咪唑類殺菌劑防治水稻惡苗病的活性降低。而稻瘟酯對苯并咪唑類殺菌劑具抗性的串珠鐮孢有效。另外，在育苗箱培育試驗中也充分顯示出對綠色木霉和鐮孢屬等土傳病原菌引起的水稻苗立枯病有很好防治效果。
此外，德國產的25%施保克（咪鮮安）乳油62.5～125mg/kg浸種）、菌蟲清（400倍液浸種）等對防治水稻惡苗病也有一定效果。其中江蘇鎮江地區農科所研制出的菌蟲清（400倍液浸種）主治干線蟲病，兼治惡苗病、稻瘟病，并能克服部分地區已產生惡苗病菌對多菌靈的抗藥性問題，兼治作用穩定。
3種子包衣
3.1薄膜包衣
3.1.1中國專利（CN86100095）11號種衣劑（有效成分：7%呋喃丹、5%多菌靈、5%福美多和5%敵菌酮）：12號種衣劑（有效成分：5%呋喃丹、7.5%多菌靈和7.5%甲基砷酸鋅）均防治水稻料秧及前期病蟲害。15號種衣劑（有效成分：3%呋喃丹、6%多菌靈、3%毒死蜱和6%敵克松）防治惡苗病、棉腐病等，兼治葉蟬、飛虱、螟蟲、地下害蟲及缺素癥，藥種比例均為1：70～80。
3.1.2涿州種衣劑廠生產的20%水稻種衣劑（有效成分：10%呋喃丹、5%甲基異柳磷和5%多菌靈）綜合防治水稻地下害蟲、惡苗病、根腐病、干線蟲病和鳥、鼠害、防治連作障礙和缺素癥。藥種比例為1：70～80。
以上幾種種衣劑產品中雖然功能多，但其產品高毒，在貯存、應用過程中存在著安全問題。
3.2丸粒化
3.2.1特公昭（55-22045）提出用過氧化鈣種衣粉（由過氧化鈣25%、熟石膏25%，其余為碳酸鈣）包覆于開始萌發的稻種上，再插入淺水土壤中，過氧化鈣在水中緩慢釋放出的氧氣，能促進稻種生根、發芽和出苗，使水稻直播栽培初步獲得成功，但使用該種衣粉包衣的稻種出苗率仍在75%左右，且效果不穩定。
3.2.2吉林省農科院原子能研究所以氧化鈣為主要成分，以石膏為凝固劑，以微量元素為附加成分，進行水稻種子包衣處理，促進了水稻對土壤和肥料中氮的吸收，提高氮肥利用率7%～12%，提高產量5%～15%。
3.2.3中國專利（CN1102944）改進了特公昭55-22045報道的配方，提出（由過氧化鈣原粉、礦質元素化合物、微量元素、工礦廢渣、保水劑、獨立核算菌劑和植物生長調節劑組成的）35%過氧化鈣種衣劑（用于水稻直播的種子處理劑），該種衣粉生物效果優異而穩定，水稻產量高，節省大量人力、物力、地力和時間。
4其它
據M.0.Mabbayal等人報道，用除草劑處理稻種可防除稻田雜草。一種方法是將稻種浸泡于一定濃度的溶液中，24小時后取出，培育，經實驗室試驗發現，2，4-滴抑制稻種發芽及稻根生長，禾工草丹雖然不影響稻種發芽，卻抑制稻株新葉的形成，丁草胺抑制稻苗長度與其濃度成正比，丁草胺、禾草丹對稻根的生長沒有影響。各種試驗濃度的芐嘧磺隆均不影響稻苗長度。而用丙草胺+fenclorim混劑，除選用最高濃度外，一般不會使稻根或稻苗長度受影響。另一種方法是，在播種前將適量除草劑同未發芽的稻種共放在塑料袋中，并震動5分鐘左右，取出。經濕季和干季田間試驗發現，除芐嘧磺隆外，所有用除草劑進行種子處理的小區，稻束數都處于最低水平。播種后頭幾天的田水管理極其重要，為確保濕播稻的移植生長，稻田必須具有良好的排水系統和水控制系統。
據觀察，用芐嘧磺隆作種子處理對稻束數及稻株重量無影響，而用丙草胺+fenclorim混劑進行種子處理，雖然在稻種壤育早期會出現稻束數減少，稻株理量略有下降，但作物的最初損失將得到恢復，最終產量所有用除草劑的小區均超過未處理小區，但相互間無差異。
由上述可以看出，使用諸如丙草胺+fenclorim混劑和芐嘧磺隆等除草劑作種子處理是可行的，為防止給播種人員事農副業直接接觸除草劑的危險，此方法用于實施機械播種的領域最為適宜。
我國水稻種植面積約占總種植面積的1/4，90%的糧食作物系由種子所繁殖，而籽苗是作物生長過程中抗御病菌和環境影響最薄弱不禁風的階段，全面推行種子處理，將種傳病害如干線蟲病、惡苗病、細菌性條斑病消滅于萌芽階段。同明種子處理具有保護種子抗御土傳病菌及有害動物與除草劑的危害，使種子獲得中夠的營養促進發芽、生長、促進固氮菌的共生，利于標準化種子種植的推廣等作用。
在傳統上，對種傳病害的防治，現階段們們一直采用在播前進行種子處理來消滅種傳病害，并使種子和幼苗免遭土傳病害和害蟲的為害。用于種子處理的殺菌劑種子處理的殺菌劑種類很多，有無機的和有機的、揮發性的或非揮發性的、內吸的或非內吸的。經配制后以粉劑、水溶性粉劑、可濕性粉劑、乳劑、液劑或懸浮劑施用。一個好的種子處理劑不應留下任何影響種子發芽、幼苗發育、植株生長和產品的有害殘留物。
我國從50年代就開始利用藥劑浸種、拌種來防治地下害蟲和苗期病害。80年代起便開始對水稻種子進行包衣處理，以便促進水稻種子對土壤和肥料中氮的吸收及防治苗期病蟲害。大量的調查和試驗都表明，經過藥劑浸種、拌種或包衣處理過的稻種，既能防止或減少種子和土壤傳染病菌引起的種子腐爛、幼苗枯萎、猝倒病及其它病害所造成的損失，提高了產量，又節省了大量的人力、物力、稻種用量和時間。
下面就水稻種子處理的方式、使用的主要藥劑及其防治病害的情況，敘述如下：
1拌種
1.1美國有利來路化學工業公司研制出的衛福（有效成分：萎銹靈、福美雙）40%懸浮劑，主要用于防治水稻立枯病（160～200g/hm2），惡苗病（120～160g/hm2）。
1.2法國羅納普朗克公司研制出的銳勁特（有效成分：氟蟲腈）5%拌種劑，主要用于水稻稻飛虱、稻縱卷葉螟、稻薊馬、稻癭蚊（80～160g/100kg種子，雜效稻：20～40g/kg，常規稻）。
1.3美國富美實公司研制出的好年冬（有效成分：丁硫克百威，35%種子處理劑，用于防治稻薊馬（210～400g/100kg種子），稻癭蚊（600～800g/100kg種子）。
以上三種國外種子處理劑品種，雖然在我國獲得登記，但其價格高，很難在國內大面積推廣。
1.4中國專利（CN1064588）提出多?福合劑殺菌劑（其有效成分多菌靈10%～50%，福美雙50%～10%），主要用于防治稻瘟病、胡麻斑病等（50g/100kg）。
1.5遼寧省農科院植保所稻病研究室研制出的高效、廣譜復合殺菌劑“菌病清”（40%可濕性粉劑50g/10～13kg種子），主要用于防治苗期病害，對水稻惡苗病、立枯病、青枯病、猝倒病有特效，同時具有促根壯秧、抗低溫冷寒作用。
上述兩種種子處理劑品種皆含有多菌靈成分，目前已發現惡苗病等對多菌靈產生了抗藥性，所以在已有抗藥性菌株的地區應用多菌靈及其復配制劑，其防治效果已明顯下降。
1.6吡蟲啉拌種對水稻種子發芽、出苗均無不良影響，對稻薊馬有很高殺蟲活性，并且持效期長，播后46天卷葉率防效仍在95%以上。此外，對秧苗素質的提高有促進作用，這究竟是刺激生長的直接作用，還通過控制稻薊馬發生和危害達到間接提高秧苗素質的作用，有待進一步研究。
2浸種
2.1中國專利（CN97100851）提出TCCA（三氯異氰尿酸）——殺菌消毒劑。先用干粉占種子量的0.2%拌種后貯藏，在播種前再用TCCA500～300倍液浸種12～36小時。藥粉拌種處理144～166天的發芽率比對照高6%～12%，經田間調查表明，對細菌性條斑病、棉腐病、稻瘟病、惡苗病、紋枯病的防效達88%～100%。
2.2中國專利（CN1096158）提出稻種消毒劑（其中有效成分為4-（2，2-二氯-1，3-苯并二氧雜戊環-4-基）吡咯-3-腈和5-乙基-基-5，8-二氫-8-氧代[1，3]二氧雜戊環基-[4，5-g]喹啉-7-羧酸），在很大低濃度下（7.9ga.i./1000kg種子），對水稻惡苗病、稻瘟病、葉斑病有著相當高的防效。
2.3日本宇部興產公司和日本北興化學工業公司共同開發出的咪唑類種子殺菌劑稻瘟酯，對防治惡苗病、稻瘟病和胡麻葉斑病舊有成效（200倍液，防治率98%以上）。雖然苯并咪殺菌劑與福美雙制成混合制劑已大面積廣泛用于防治上述病害，但長期的使用，致使出現串珠鐮孢耐苯并咪唑菌株，造成苯并咪唑類殺菌劑防治水稻惡苗病的活性降低。而稻瘟酯對苯并咪唑類殺菌劑具抗性的串珠鐮孢有效。另外，在育苗箱培育試驗中也充分顯示出對綠色木霉和鐮孢屬等土傳病原菌引起的水稻苗立枯病有很好防治效果。
此外，德國產的25%施保克（咪鮮安）乳油62.5～125mg/kg浸種）、菌蟲清（400倍液浸種）等對防治水稻惡苗病也有一定效果。其中江蘇鎮江地區農科所研制出的菌蟲清（400倍液浸種）主治干線蟲病，兼治惡苗病、稻瘟病，并能克服部分地區已產生惡苗病菌對多菌靈的抗藥性問題，兼治作用穩定。
3種子包衣
3.1薄膜包衣
3.1.1中國專利（CN86100095）11號種衣劑（有效成分：7%呋喃丹、5%多菌靈、5%福美多和5%敵菌酮）：12號種衣劑（有效成分：5%呋喃丹、7.5%多菌靈和7.5%甲基砷酸鋅）均防治水稻料秧及前期病蟲害。15號種衣劑（有效成分：3%呋喃丹、6%多菌靈、3%毒死蜱和6%敵克松）防治惡苗病、棉腐病等，兼治葉蟬、飛虱、螟蟲、地下害蟲及缺素癥，藥種比例均為1：70～80。
3.1.2涿州種衣劑廠生產的20%水稻種衣劑（有效成分：10%呋喃丹、5%甲基異柳磷和5%多菌靈）綜合防治水稻地下害蟲、惡苗病、根腐病、干線蟲病和鳥、鼠害、防治連作障礙和缺素癥。藥種比例為1：70～80。
以上幾種種衣劑產品中雖然功能多，但其產品高毒，在貯存、應用過程中存在著安全問題。
3.2丸粒化
3.2.1特公昭（55-22045）提出用過氧化鈣種衣粉（由過氧化鈣25%、熟石膏25%，其余為碳酸鈣）包覆于開始萌發的稻種上，再插入淺水土壤中，過氧化鈣在水中緩慢釋放出的氧氣，能促進稻種生根、發芽和出苗，使水稻直播栽培初步獲得成功，但使用該種衣粉包衣的稻種出苗率仍在75%左右，且效果不穩定。
3.2.2吉林省農科院原子能研究所以氧化鈣為主要成分，以石膏為凝固劑，以微量元素為附加成分，進行水稻種子包衣處理，促進了水稻對土壤和肥料中氮的吸收，提高氮肥利用率7%～12%，提高產量5%～15%。
3.2.3中國專利（CN1102944）改進了特公昭55-22045報道的配方，提出（由過氧化鈣原粉、礦質元素化合物、微量元素、工礦廢渣、保水劑、獨立核算菌劑和植物生長調節劑組成的）35%過氧化鈣種衣劑（用于水稻直播的種子處理劑），該種衣粉生物效果優異而穩定，水稻產量高，節省大量人力、物力、地力和時間。
4其它
據M.0.Mabbayal等人報道，用除草劑處理稻種可防除稻田雜草。一種方法是將稻種浸泡于一定濃度的溶液中，24小時后取出，培育，經實驗室試驗發現，2，4-滴抑制稻種發芽及稻根生長，禾工草丹雖然不影響稻種發芽，卻抑制稻株新葉的形成，丁草胺抑制稻苗長度與其濃度成正比，丁草胺、禾草丹對稻根的生長沒有影響。各種試驗濃度的芐嘧磺隆均不影響稻苗長度。而用丙草胺+fenclorim混劑，除選用最高濃度外，一般不會使稻根或稻苗長度受影響。另一種方法是，在播種前將適量除草劑同未發芽的稻種共放在塑料袋中，并震動5分鐘左右，取出。經濕季和干季田間試驗發現，除芐嘧磺隆外，所有用除草劑進行種子處理的小區，稻束數都處于最低水平。播種后頭幾天的田水管理極其重要，為確保濕播稻的移植生長，稻田必須具有良好的排水系統和水控制系統。
據觀察，用芐嘧磺隆作種子處理對稻束數及稻株重量無影響，而用丙草胺+fenclorim混劑進行種子處理，雖然在稻種壤育早期會出現稻束數減少，稻株理量略有下降，但作物的最初損失將得到恢復，最終產量所有用除草劑的小區均超過未處理小區，但相互間無差異。
由上述可以看出，使用諸如丙草胺+fenclorim混劑和芐嘧磺隆等除草劑作種子處理是可行的，為防止給播種人員事農副業直接接觸除草劑的危險，此方法用于實施機械播種的領域最為適宜。
我國水稻種植面積約占總種植面積的1/4，90%的糧食作物系由種子所繁殖，而籽苗是作物生長過程中抗御病菌和環境影響最薄弱不禁風的階段，全面推行種子處理，將種傳病害如干線蟲病、惡苗病、細菌性條斑病消滅于萌芽階段。同明種子處理具有保護種子抗御土傳病菌及有害動物與除草劑的危害，使種子獲得中夠的營養促進發芽、生長、促進固氮菌的共生，利于標準化種子種植的推廣等作用。
