在選育自交系的過程中，有的自交系其它性狀都很好，配合力也高，但在某些方面存在一個或兩個方面以上的缺點，則可采用一些方法進行改良，使它原來的優良性狀和高的配合力保持下來，而不足的方面得到改良。通常采用以下幾種方法改良：
（1）系譜法：把需要改良的自交系與具有互補性狀的另一自交系雜交，使另一自交系這方面的優點傳遞過來，然后將它們的后代采取系統地連續自交，在其分離的系譜中，選擇和培育所需要的自交系。如有些自交系抗倒伏和抗病力差，不夠早熟等，都可以用此法改良，效果較好。
（2）回交法：如某一自交系存在一個或兩個方面的缺點，通過另外一個自交系把所需彌補的性狀轉育過來，同時又能保持原來系的配合力的一種方法。例如，某一自交系有多方面的優良性狀，但易感染某種病害，這樣可選擇另外一個抗病性強的自交系與之雜交，然后在其后代中選擇抗病植株再與兩個自交系中的其中一個進行回交，回交的代數主要看其后代是否已將需要彌補的性狀結合過去，直到符合要求為止。這樣經過若干代回交后，再自交一次，就可以選得優良而抗病的改良自交系。
（3）雙回交法：也叫聚集改良法。即用雙重的回交法同時去改良某一個雙交組合中的兩個自交系，而又不降低其配合力的一種方法。例如，在雙交種（甲×乙）×（丙×丁）中，甲和乙的配合力很高，但其生活力較弱，產量較低，這樣需要改良甲和乙時，可以將（甲×乙）F1分別和兩個親本自交系回交若干代，在每次回交過程中，應注意選擇生長健壯、具有非輪回親本的優良性狀的植株與輪回親本回交，經回交3－4代，待性狀整齊一致后再自交一次，就可選得改良的自交系甲乙和乙甲。
（1）系譜法：把需要改良的自交系與具有互補性狀的另一自交系雜交，使另一自交系這方面的優點傳遞過來，然后將它們的后代采取系統地連續自交，在其分離的系譜中，選擇和培育所需要的自交系。如有些自交系抗倒伏和抗病力差，不夠早熟等，都可以用此法改良，效果較好。
（2）回交法：如某一自交系存在一個或兩個方面的缺點，通過另外一個自交系把所需彌補的性狀轉育過來，同時又能保持原來系的配合力的一種方法。例如，某一自交系有多方面的優良性狀，但易感染某種病害，這樣可選擇另外一個抗病性強的自交系與之雜交，然后在其后代中選擇抗病植株再與兩個自交系中的其中一個進行回交，回交的代數主要看其后代是否已將需要彌補的性狀結合過去，直到符合要求為止。這樣經過若干代回交后，再自交一次，就可以選得優良而抗病的改良自交系。
（3）雙回交法：也叫聚集改良法。即用雙重的回交法同時去改良某一個雙交組合中的兩個自交系，而又不降低其配合力的一種方法。例如，在雙交種（甲×乙）×（丙×丁）中，甲和乙的配合力很高，但其生活力較弱，產量較低，這樣需要改良甲和乙時，可以將（甲×乙）F1分別和兩個親本自交系回交若干代，在每次回交過程中，應注意選擇生長健壯、具有非輪回親本的優良性狀的植株與輪回親本回交，經回交3－4代，待性狀整齊一致后再自交一次，就可選得改良的自交系甲乙和乙甲。
