殺菌劑使用技術的要求高于殺蟲劑，所以掌握起來難度比較大。根據藥劑對病害防治的作用劃分，殺菌劑大體分三類：
保護性殺菌劑：這類殺菌劑能夠保護未被病菌侵染的施藥部位免受病菌侵染，需要在作物沒有接觸到病或病害發生之前，噴藥才可收到效果，如銅制劑(波爾多液)，硫制劑(石硫合劑)，代森錳等。
鏟除性殺菌劑：這類藥劑能直接殺死入侵前的病菌和治療已被侵染的施藥部位，常有消毒作用。如用福爾馬林消毒帶菌種子。
治療性殺菌劑：也叫內吸性殺菌劑，這類殺菌劑被植物吸收傳導后，可阻止植株各個部位的病菌發展。如多菌靈、托布津、春雷霉素等。
不同類殺菌劑的使用方法不同。
種苗階段系統保護：包括藥液浸種、藥液悶種、藥劑拌種、種衣劑、藥液浸蘸秧苗等。常用的藥劑有拌種雙、福美雙等。種苗包括種子、塊根、塊莖、鱗莖、插條、秧苗、苗木及其它用于繁殖的器官。
藥劑處理土壤：屬整體或局部保護，如直接在苗床土壤中施藥品種有五氯硝基苯等。處理土壤可用澆灌法、翻混法等。
葉面噴灑：葉面噴灑有多種劑型，如粉劑、微粉劑、可濕性粉劑、乳油、懸浮劑、水劑、煙霧劑等。
保護性殺菌劑：這類殺菌劑能夠保護未被病菌侵染的施藥部位免受病菌侵染，需要在作物沒有接觸到病或病害發生之前，噴藥才可收到效果，如銅制劑(波爾多液)，硫制劑(石硫合劑)，代森錳等。
鏟除性殺菌劑：這類藥劑能直接殺死入侵前的病菌和治療已被侵染的施藥部位，常有消毒作用。如用福爾馬林消毒帶菌種子。
治療性殺菌劑：也叫內吸性殺菌劑，這類殺菌劑被植物吸收傳導后，可阻止植株各個部位的病菌發展。如多菌靈、托布津、春雷霉素等。
不同類殺菌劑的使用方法不同。
種苗階段系統保護：包括藥液浸種、藥液悶種、藥劑拌種、種衣劑、藥液浸蘸秧苗等。常用的藥劑有拌種雙、福美雙等。種苗包括種子、塊根、塊莖、鱗莖、插條、秧苗、苗木及其它用于繁殖的器官。
藥劑處理土壤：屬整體或局部保護，如直接在苗床土壤中施藥品種有五氯硝基苯等。處理土壤可用澆灌法、翻混法等。
葉面噴灑：葉面噴灑有多種劑型，如粉劑、微粉劑、可濕性粉劑、乳油、懸浮劑、水劑、煙霧劑等。
