黃鱔的腸道無盤曲，呈直管狀，總長度約占體長的五分之四，這一結構與肉食性魚類的特征想似。其消化特點是：對植物蛋白和纖維素幾乎完全不能消化，對動物蛋白、淀粉和脂肪能有效消化，因此任何使用植物性飼料飼養黃鱔的企圖都是對黃鱔的消化機能缺乏了解的表現。但另一方面適度植物性飼料的添加可促進腸道的蠕動和攝食強度。黃鱔的新成代謝緩慢，反映在消化系統主要表現為消化液分泌量少，吸收速率低。這一特性對養殖是極為不利的，因為嚴重抑制了增重速度。然而這一特性并非不可改變，在定時投喂和人為添加消化促進劑的激活下，消化系統可很快變得極為活躍，就可達到促進進食，增重狀況得以明顯改善。
