種類：微生物肥料的種類很多，按其作用機理可以分為根瘤菌肥料、固氮菌類肥料、解磷菌類肥料、解鉀菌類肥料。其中根瘤菌肥料又可分為慢生根瘤菌和快生根瘤菌; 固氮菌類肥料又可分固氮根瘤菌和根際聯合固氮菌; 解磷菌類肥料有有機磷細菌和無機磷細菌。按其制品內含可以分為單純的微生物肥料和復合（或混合）微生物肥料。按其形態可分為固態和液態兩類。
作用機理：
1、增進土壤肥力 施用固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素來源；解磷、解鉀微生物肥料，可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，轉變為作物能吸收利用的磷、鉀化合物，改善作物的營養條件。
2、制造和協助農作物吸收營養 根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空氣中的氮素。微生物在繁殖中能產生大量的植物生長激素，刺激和調節作物生長，使植株生長健壯，促進對營養元素的吸收。
3、增強植物抗病和抗旱能力 微生物肥料由于在作物根部大量生長繁殖，抑制或減少了病原微生物的繁殖機會；抗病原微生物的作用，減輕作物的病害；微生物大量生長，菌絲能增加對水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
施用技術：
1、拌種：先將種子表面用水噴潮濕，然后將種子放入菌肥中攪拌，使種子表面均勻粘滿菌肥即可播種。
2、育秧：床式或盤式育苗時，可將菌肥拌入育苗土中堆置3天后，再做成苗床或裝入育苗盤；營養缽育苗時，先將菌肥均勻拌入營養土中，再做成營養缽。
3、穴施：先將菌肥與濕潤的細土拌均勻，施在移栽或插秧的穴內，然后移栽幼苗或插秧覆土。
4、蘸根：將菌肥加一些細土，加適量的水拌成泥漿，將移栽秧或扦插苗在泥漿中浸數分鐘，然后帶漿移栽秧苗或扦插。
5、追施：將菌肥配成菌肥水溶液，澆灌在作物行間或果樹周圍的淺溝內，澆完后即覆土。
6、噴施：有些液體菌肥，可作葉面肥施用，方法是加水100倍后充分混勻，噴灑在葉片的正反面即可。
應用時的注意事項：
1、選用質量合格的微生物肥料。 質量低下、雜菌含量高或過期的產品不能施用。
2、施用時要盡量減少微生物的死亡。 菌肥要避免陽光直射，拌種時應在陰涼處操作，拌種后要及時播種，并立即覆土。菌肥不可與有害農藥、化肥混合施用。
3、創造適宜的土壤環境。 酸性土壤應中和土壤酸度。土壤過分干燥時，應及時灌澆，大雨后要及時排除田間積水，應改良土壤，合理耕作，提高土壤的通透性。應針對性地補施微生物必須的礦質營養。
4、因地制宜推廣應用微生物肥料 根瘤菌肥料增產效果明顯，可在豆科作物上廣泛應用。對其他微生物肥料，應探索不同菌肥的效應，施用量、施用方法逐步推廣。
作用機理：
1、增進土壤肥力 施用固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素來源；解磷、解鉀微生物肥料，可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，轉變為作物能吸收利用的磷、鉀化合物，改善作物的營養條件。
2、制造和協助農作物吸收營養 根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空氣中的氮素。微生物在繁殖中能產生大量的植物生長激素，刺激和調節作物生長，使植株生長健壯，促進對營養元素的吸收。
3、增強植物抗病和抗旱能力 微生物肥料由于在作物根部大量生長繁殖，抑制或減少了病原微生物的繁殖機會；抗病原微生物的作用，減輕作物的病害；微生物大量生長，菌絲能增加對水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
施用技術：
1、拌種：先將種子表面用水噴潮濕，然后將種子放入菌肥中攪拌，使種子表面均勻粘滿菌肥即可播種。
2、育秧：床式或盤式育苗時，可將菌肥拌入育苗土中堆置3天后，再做成苗床或裝入育苗盤；營養缽育苗時，先將菌肥均勻拌入營養土中，再做成營養缽。
3、穴施：先將菌肥與濕潤的細土拌均勻，施在移栽或插秧的穴內，然后移栽幼苗或插秧覆土。
4、蘸根：將菌肥加一些細土，加適量的水拌成泥漿，將移栽秧或扦插苗在泥漿中浸數分鐘，然后帶漿移栽秧苗或扦插。
5、追施：將菌肥配成菌肥水溶液，澆灌在作物行間或果樹周圍的淺溝內，澆完后即覆土。
6、噴施：有些液體菌肥，可作葉面肥施用，方法是加水100倍后充分混勻，噴灑在葉片的正反面即可。
應用時的注意事項：
1、選用質量合格的微生物肥料。 質量低下、雜菌含量高或過期的產品不能施用。
2、施用時要盡量減少微生物的死亡。 菌肥要避免陽光直射，拌種時應在陰涼處操作，拌種后要及時播種，并立即覆土。菌肥不可與有害農藥、化肥混合施用。
3、創造適宜的土壤環境。 酸性土壤應中和土壤酸度。土壤過分干燥時，應及時灌澆，大雨后要及時排除田間積水，應改良土壤，合理耕作，提高土壤的通透性。應針對性地補施微生物必須的礦質營養。
4、因地制宜推廣應用微生物肥料 根瘤菌肥料增產效果明顯，可在豆科作物上廣泛應用。對其他微生物肥料，應探索不同菌肥的效應，施用量、施用方法逐步推廣。
