該如何鑒別豆芽的優劣，主要分為以下六個方面：
一看豆芽稈：
自然生長孵化的豆芽菜是芽身挺直均勻細長、脆嫩、光澤白、芽腳不軟，而用有害添加劑浸泡過的毒豆芽，芽稈粗細不均勻，色澤灰白。
二看豆芽根：
自然生長孵化的豆芽菜，根須發育良好，無爛根、爛尖現象，根部自然泛黃，而用有害添加劑浸泡過的豆芽菜，根短、少根或無根且根部發黑。
三看豆皮：
在無光條件下自然生長孵化的綠豆芽，會吸收豆皮中的葉綠素，使豆皮色澤呈褐綠色，而加過無根劑、保鮮粉有氧化作用添加劑的毒豆芽，在生長過程中，產生了化學反應，又把豆皮“變”成了綠色。
四聞：
不添加任何藥物的無公害豆芽菜，聞起來有股濃濃的豆香味，而毒豆芽聞起來毫無“豆味”。
五嘗：
不添加任何藥物的無公害豆芽菜，口感脆甜，有濃濃的豆香味，做成菜肴后，不會縮水、不會塌架且易熟。而毒豆芽大多因為添加了化工原料，口感偏苦澀，炒菜時豆芽會出現出水、塌架現象。
六放：
自然生長的無公害豆芽，一般在常溫下放置一到兩天，除了水分自然揮發外，不影響正常食用；而毒豆芽大多在次日產生霉爛、發軟、變黑等現象，不能再繼續食用。
豆芽鑒別的誤區：
誤區一、豆芽短、細就是好豆芽。
近來許多消費者談豆芽色變，在加上一些媒體不當的宣傳，消費者大多認為，短豆芽細豆芽都是不加化肥和有害物質的好豆芽。其實不然，大多數又細又短的豆芽，幾乎都是毒豆芽（主要是綠豆芽）。因為小作坊為了追求產量，大都采用小顆粒的劣質綠豆，加各種化工原料和添加劑后出菜率會非常高。有時一斤綠豆就可以過到十二斤以上綠豆芽，且生長周期大多在三到五天，比自然孵化的豆芽菜所需時間要短得多，這樣產出的芽菜產量高，資金周轉快，就可以牟取到暴力。而現在全國各大正規的豆芽廠家，全都采用來自東北的優質大籽綠豆和黃豆，生長周期一般都為七天，這樣生長出來的豆芽口感好，安全可靠，但外形上要比毒豆芽看著長一些，粗一些。
誤區二、豆芽豆桿韌性彈性越好，越是好豆芽。
小作坊的毒豆芽，因為要解決保鮮問題，加入了保鮮漂白粉，防腐劑、 這樣的豆芽彈性和韌性都比較好。而正規廠家生產的豆芽大都采用冷鮮保藏，所以豆芽顯得比較脆，易折斷，所以為彈性好的豆芽多半為毒豆芽。
誤區三、自已泡的豆芽才可以放心吃。
自已發的豆芽一般是采用自來水泡制，本身水中就含有漂白粉，在豆芽生長過程中由于很難掌握合適的溫度和最佳技術。豆芽中多會出現爛根、霉變等現象，不當食用會對人體產生危害。
誤區四、豆芽越黑越好。
其實小作坊毒豆芽，大多采用地表水，而城市周圍的地表水，都已受過不同程度的污染。 所以泡出的豆芽，大數顏色泛黑，其為了不影響銷售，大都添加漂白粉等有害物質，達到漂白效果。但這種白不是自然亮白，芽菜短時間內會重新變成灰白色。正規廠家生產的芽菜，多采用深層的地下水，自然孵化出來的芽菜色澤潔白，透亮。