中國種業產業化目前障礙很多，資金上、技術上都存在著不足，但是更重要的，大致有以下幾個方面的問題：
觀念問題。大多數中國人的觀念是“寧為雞頭，不為鳳尾”，大家都愿意占山為王，而不愿意合作，不愿意在一個體系內合作共贏。種業人具有其他行業人的通病，更愿意尋求體系之外的自由，而不是共建一個給各個方面人才提供一個自由發揮才能的空間。
企業考評體制的問題。國有體制的業績考核往往政治訴求第一，這樣的考核標準一般會有兩大問題，要么盲目做大規模，對于盈利模式，投資效益，投資回收期等缺乏清醒的認識和評估；要么急功近利，對于需要長期投資和長期獲得回報的方面，如生物技術和育種則不愿意投資，而寧肯購買現成的品種。
科研體制的限制。現有的種質資源只要掌握在科研部門和大專院校手中，企業即便是想投資科研，種質資源、特別是有價值的資源的收集也是巨大的挑戰。
民營企業則家族觀念嚴重，對于外來職業經理人缺乏信任，團隊建設無從談起，企業發展后繼乏力。
激勵機制。激勵機制缺乏靈活性和短期與中長期利益的結合。許多企業重罰不重獎，承諾的獎勵難以兌現，或者短期的獎勵份額過大而中長期的獎勵不足等問題。
總體而言，中國種業的市場化起步晚，市場和產業還在摸索和轉型之中。西方發達國家種業的產業化是如何做到的，其中核心點是哪些，我們在產業化過程中會遇到哪些問題，針對這些問題可能的應對方案又有哪些等等。這些問題都需要我們不斷思考和探索，最終走出一條適合中國國情，又能夠與國際接軌的種業產業化道路。
