一是化肥施用量仍然過大。2012年我國農用化肥施用總量達5839萬噸（折純，下同），約占世界化肥施用總量的1/3，是美國、印度的總和，已成為世界最大的化肥消費國。我國農作物畝均化肥用量21.2公斤，遠遠高于8公斤的世界平均水平，是美國的3倍，是印度、歐盟的2.5倍。過量施肥不僅增加了農業生產成本，而且消耗了大量資源和能源，造成土壤和地下水污染。
二是施肥結構仍然不盡合理。長期以來，農民養成了重氮肥、輕磷鉀肥，重大量元素肥料、輕中微量元素肥料，重化肥、輕有機肥的施肥習慣。目前，我國有機肥資源利用率在25%左右，其中畜禽糞便養分還田率約50%，秸稈養分直接還田率只有35%。有機養分占養分投入總量的40%，較合理施用比例低10個百分點。
三是施肥方式仍然比較落后。東北、黃淮海玉米產區多采取“一炮轟”的施肥方式，造成肥料浪費，后期缺肥。加之勞動力成本增加、施肥器具不配套，化肥淺施、表施、撒施現象比較普遍。專家分析，小麥、水稻和大豆追肥采用地表撒施的超過80%，蔬菜追肥多采取大水沖施的方式，肥料損失較為嚴重。
