中國農民大規模使用化肥農藥始于20世紀60年代中期，幾十年來化肥使中國的糧食產量得到了大幅度提高，但是也造成了相當大的負面影響。目前農民大多數是直接將化肥農藥灑入田里，這不僅不能向作物提供持續的養料，而且在下雨和澆灌時會將大部分化肥農藥沖走，由于無法進行集中處理，最終進入江河湖海，這些被污染的水又被人們飲用，可謂是害上加害。
長期過度使用化肥，已經造成中國許多農田的土壤板結，施肥的效果下降，最終又帶來產品的品質下降，這直接表現為產品的口感差了。因此許多人抱怨“蔬菜沒有從前的味道好了”。
為了克服使用化肥的諸多負面影響，中國科學家正在研究用菌肥代替化肥。云南省環境科學研究所科技產業部主任張濤說，他們與清華大學合作，把一些細菌經過技術處理后使之成為能夠固化土壤、保持營養物質的生物細菌肥料。這種菌肥不會像傳統化肥那樣給環境帶來污染，而且可以為植物提供均衡全面的營養，使植物長得更健壯，品質明顯改善，病蟲害發生的概率也大為降低。生物菌肥是將農作物的秸稈剁碎后放入發酵池中，加進菌種，經過與牲畜、人的糞便混合發酵后取出來施到田里。這些細菌能夠較好地固化空氣和土壤中的氮，同時具有分解磷和鉀的特性。氮磷鉀是植物生長必需的營養物質也是污染水源的主要物質，經過分解后的氮磷鉀對水的污染會降得很低。
