根據數據顯示，我國農作物畝均化肥用量21.9公斤，遠高于世界的平均水平（每畝8公斤），是美國的2.6倍，歐盟的2.5倍。中國的耕地肥力出現了明顯下降，全國土壤有機質平均不到1%。與之對應的是，國內的化肥用量及其增長速度驚人。不僅僅是過度施肥和用肥單一，還經常出現忽略了地情變化，照“老經驗”施肥的誤區，加劇了土壤內在結構的不平衡。
針對現存問題，微生物肥料可以成為綠色農業的突破口。微生物肥料中的有效活菌數高，可以顯著增加土壤中的有益菌群，這些有益菌通過降解各種污染，分解多種動物腐體和植物殘茬等活動使得板結土壤通透性增加；并且有益微生物在生長繁殖時能分泌有益物質，能活化板結土壤中被固定的養分，從而起到疏松土壤、培肥地力的作用。
我國新型肥料的產量所占的比重越來越大。而微生物肥料已成為新型肥料中年產量最大、應用面積最廣的品種，微生物肥料會成為綠色農業發展的強大助力。微生物肥料還有以下幾種優勢。
1、微生物肥料具有提高化肥利用率的作用
近年來我國化肥的使用量上漲4.5倍，但我國糧食產量僅增長了82.8%，三大糧食作物氮肥、磷肥、鉀肥的利用率卻僅為33%、24%和42%。這說明僅靠大量增施化肥來提高作物產量是有限的，況且還會造成土壤和環境污染的問題。采用微生物肥料與化肥配合施用，既能保證增產，又減少了化肥使用量，降低成本，同時還能改善土壤及作物品質，減少污染。
2、微生物肥料在綠色食品生產中的作用
隨著人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對生活質量提高的要求，對綠色無公害的食品需求不斷提升。生產綠色食品的過程中要求不用或盡量少用或限量使用化肥或農藥等化學物質的施用。微生物肥料肥料能保護和促進農作物生長和提高品質；其次不會產生和積累有害物質；三是對生態環境和土壤環境無不良影響。符合了綠色食品生產和綠色農業發展的要求。
3、微生物肥料在環保中的作用
利用微生物的特定功能分解發酵城市生活垃圾及農牧業廢棄物，制成微生物肥，能將城市生活垃圾合理再利用。另外還有將微生物肥料作為土壤凈化劑使用。
