日前，深圳農業基因組研究所（以下簡稱“基因所”）的最新研究成果，在線發表于權威學術期刊《NatureGenetics（自然·遺傳學）》雜志上。基因所通過對360份番茄種質全基因組的分析，闡明了番茄馴化和育種的基因組學歷史，為番茄生物學研究提供了新的工具，奠定了番茄全基因組設計育種的基礎。這項研究是我國在番茄研究方面繼2012年完成番茄全基因組序列圖的繪制后另一重要成果，極大推進了番茄基因組研究的進程。
據該研究團隊主要負責人黃三文研究員介紹，番茄起源于南美洲的印地斯山脈，隨著人類遷移經由北美洲傳到歐洲，逐漸擴散到世界各地。如今番茄的品種多樣，是世界范圍內普遍種植的第一大蔬菜作物，每年全球市場總價值達550億美元。同時，番茄也是植物遺傳、發育和生理研究的重要模式系統。我們日常食用的大果栽培番茄是由野生番茄馴化而來的，野生番茄果實非常小，只有1克~2克重，經過長期的人工馴化，現代栽培番茄的果重是其祖先的100多倍。然而，番茄果實變大的人工馴化過程一直缺乏全面研究。
因此，基因所借助最新配置的超算平臺進行基因組大數據分析，發現番茄果實變大經歷了從野生醋栗番茄形成櫻桃番茄，最終成為大果栽培番茄的兩步馴化過程，分別有5個和13個基因受到了人工定向選擇。同時，發現了加工番茄（主要用于番茄醬加工）的主要基因組特征，闡明了粉果番茄形成的原因。這些研究成果為番茄育種提供了有效的分子工具。
