當歸秋季直播在第二年，移栽的在當年，于10月中旬植株枯黃后收獲。各地自然條件不同，收獲時間也有一定差異。如甘肅岷縣在霜降后3～5天收獲，四川產區在霜降前后收獲；陜西延安在10月下旬或11月上旬。收獲不宜過早過遲，過早，當歸尚未完全成熟，會降低產量和品質，過遲，土壤凍結，根條變脆，容易折斷，損失過大。一般來說，以土壤結凍前，植株黃萎時收獲為宜。在收獲前10～15天，先割去當歸莖葉留下3厘米左右的莖樁以便收獲時識別。這樣能使地面曬到太陽，加速成熟。同時應防止牲畜踐踏和引起爛頭。收獲時用鋤頭挖掘，先將植株下面挖空，再從上面將其挖倒取出，這樣能挖全根部，也不致斷傷根部。挖后結合翻地，再揀一次漏挖或挖斷的根。采收后，運回加工場地捆扎，以待加工。一般畝產干當歸100～150千克，豐產田畝產可達250～300千克。
