金針菇的制種過程是母種（一級種）→原種（二級種）→栽培種（三級種）。母種是采用組織分離或孢子分離或引種而得來的。常用的培養基有：（1）馬鈴薯200克、葡萄糖20克、瓊脂20克水1000毫升，俗稱PDA培養基。在繁殖產生粉生孢子多的菌株時，可在培養基中添加百分之0點1維生素B1或維生素B2。（2）馬鈴薯200克，蔗糖20克，瓊脂20克，蛋白胨2克，硫酸鎂2克、磷酸二氫鉀2克，維生素B20點5克，水1000毫升，培養基裝管滅菌后，在無菌條件下接種，培養室內溫度控制在24度左右，大約經過7至10天，菌絲即可生滿培養基斜面，優良的母種標準是菌絲健壯，生長旺盛而整齊，菌落清晰均勻，粉孢子少。
