生產金針菇要求采用優良菌種。即要求采用具有優良農藝性狀的高產優質品質和采用具有最佳菌齡和典型特征、生命力旺盛的菌種。目前國內生產上普遍使用的金針菇生產品種可以分為三大類型。
第一類是菇體金黃色至淺褐色。這類品種的特點是出菇的適宜溫度范圍比較寬，容易出菇，出菇早，有時會出現邊發菌邊出菇的現象，轉潮快，出菇的后勁比較足，即后面幾潮菇占總產量的比例較高。鮮菇質地脆嫩，菇體色澤對光線比較敏感。
第二類是菇體乳白色至淺黃色。這類品種的特點是出菇對溫度反應比較敏感，一般均在18℃以下出菇，出菇較晚，在適宜的溫度條件下，一般都是在菌絲發到袋底后再行出菇，其產量主要集中在前期，即第一、第二潮菇。菇體質地鮮嫩柔軟，脆性較差。菇體色澤對光線較不敏感。
第三類是整個菇體為純白色。這類品種的特點是出菇對溫度最為敏感，一般超過18℃停止出菇，在出菇期間遇到20℃以上高溫容易死菇。出菇較晚，一般情況下，都是在菌絲發到袋底再開始出菇，產量以第一潮菇為主。菇體質地柔軟，有一定的韌性，采收不及時，菇柄下半部容易纖維化。菇體色澤對光線最不敏感，出菇后即使有一定的散射光，也不容易產生黃色或淺褐色的色澤。但是，它的產量不如前兩類金針菇的產量高。
在選擇菌種時，各生產單位要根據當地的氣候條件、生產季節、消費對象等來選擇不同類型的生產品種。要因地制宜，以銷定產，確定當家品種；也可以把不同類型的品種搭配使用，使制種、栽培、采收、供應的時間搭配更為科學合理。
金針菇的一級種采用常規的PDA培養基。一級種的形態直接影響到二級種的生長和質量，金針菇一級種外觀形態的鑒別標準：理想的菌絲形態是健壯、整齊、生長旺盛、粉孢子較少，菌落均勻。在23～25℃的最適培養條件下，10～12天菌絲長滿整個斜面。菌絲生長速度偏慢、表面粉孢子過多、生長頂端不整齊的一級種，不宜用來繁育二級種。
金針菇的二級種采用木屑培養基或棉籽殼培養基。它的外觀形態鑒別：菌絲粗壯、潔白、整齊，有細粉狀菌絲，培養后期培養基表面出現成叢的白色或黃色的子實體，這些為正常菌種。如果菌絲接種后，菌種吃料封面速度很慢，或吃料后菌絲細弱稀疏，褐色分泌物多，粉狀分生孢子過多的，為不良菌種。菌絲生長到一定部位，不能往下生長，或出現波浪式生長趨勢，菌絲生長區和不生長區分界明顯，主要原因是基質過濕或感染上雜菌，應予淘汰。
檢驗菌種質量的簡便方法：把數瓶（袋）菌種拔除塞子，通過出菇試驗，觀察菇蕾形成出現的溫度，以及了實體的產量和質量情況。
第一類是菇體金黃色至淺褐色。這類品種的特點是出菇的適宜溫度范圍比較寬，容易出菇，出菇早，有時會出現邊發菌邊出菇的現象，轉潮快，出菇的后勁比較足，即后面幾潮菇占總產量的比例較高。鮮菇質地脆嫩，菇體色澤對光線比較敏感。
第二類是菇體乳白色至淺黃色。這類品種的特點是出菇對溫度反應比較敏感，一般均在18℃以下出菇，出菇較晚，在適宜的溫度條件下，一般都是在菌絲發到袋底后再行出菇，其產量主要集中在前期，即第一、第二潮菇。菇體質地鮮嫩柔軟，脆性較差。菇體色澤對光線較不敏感。
第三類是整個菇體為純白色。這類品種的特點是出菇對溫度最為敏感，一般超過18℃停止出菇，在出菇期間遇到20℃以上高溫容易死菇。出菇較晚，一般情況下，都是在菌絲發到袋底再開始出菇，產量以第一潮菇為主。菇體質地柔軟，有一定的韌性，采收不及時，菇柄下半部容易纖維化。菇體色澤對光線最不敏感，出菇后即使有一定的散射光，也不容易產生黃色或淺褐色的色澤。但是，它的產量不如前兩類金針菇的產量高。
在選擇菌種時，各生產單位要根據當地的氣候條件、生產季節、消費對象等來選擇不同類型的生產品種。要因地制宜，以銷定產，確定當家品種；也可以把不同類型的品種搭配使用，使制種、栽培、采收、供應的時間搭配更為科學合理。
金針菇的一級種采用常規的PDA培養基。一級種的形態直接影響到二級種的生長和質量，金針菇一級種外觀形態的鑒別標準：理想的菌絲形態是健壯、整齊、生長旺盛、粉孢子較少，菌落均勻。在23～25℃的最適培養條件下，10～12天菌絲長滿整個斜面。菌絲生長速度偏慢、表面粉孢子過多、生長頂端不整齊的一級種，不宜用來繁育二級種。
金針菇的二級種采用木屑培養基或棉籽殼培養基。它的外觀形態鑒別：菌絲粗壯、潔白、整齊，有細粉狀菌絲，培養后期培養基表面出現成叢的白色或黃色的子實體，這些為正常菌種。如果菌絲接種后，菌種吃料封面速度很慢，或吃料后菌絲細弱稀疏，褐色分泌物多，粉狀分生孢子過多的，為不良菌種。菌絲生長到一定部位，不能往下生長，或出現波浪式生長趨勢，菌絲生長區和不生長區分界明顯，主要原因是基質過濕或感染上雜菌，應予淘汰。
檢驗菌種質量的簡便方法：把數瓶（袋）菌種拔除塞子，通過出菇試驗，觀察菇蕾形成出現的溫度，以及了實體的產量和質量情況。
