(一)常見的幾種雜菌病害
1.細菌性根腐病 病原菌為腸桿菌，歐文氏桿菌屬，桿狀，周生鞭毛。侵染初期，在培養基表面，菇叢中浸出白色混濁的液滴。使菇柄很快腐爛，褐變成麥芽糖色，最后呈黑褐色，發黏變臭。產生根腐病的根本原因是把帶菌的水直接噴到菇體上，由于菇叢很密，表面面積很大，呼吸作用很強，水分不能及時散失，就產生熱量，病原菌便在適溫條件下大量繁殖生長，產生根腐病。防治的主要方法是，禁止將水噴到菇體上。一旦發病，要立即采收，對菌床進行噴施1‰多菌靈處理。
2.霉菌污染 霉菌是金針菇的大敵。冬季生料栽培金針菇為害最嚴重的屬木霉和青霉。
木霉有許多種，如綠色木霉、康氏木霉、多孢木霉等。易與青霉混合發生，外觀顏色略不同，青霉感染色較深，呈藍綠色，而木霉色淺，多呈綠色或銅綠色。經培養后，用顯微鏡觀察，木霉的菌絲有橫隔，蔓延生長，形成平的菌落，菌絲無色，向上伸出直立的分生孢子梗，孢子梗再分支成兩個相對的側支，最后形成小梗，小梗的頂端有成簇的分生孢子。菇床上一旦發生木霉，會很快延伸到子實體上。
青霉，在自然環境中分布很廣，極易感染。條件適宜經1~2d孢子萌發成菌絲，并很快發育成白色菌絲體。初期難以辨認，直到長出許多綠色孢子并在培養料表面看到形狀不規則、大小不等的藍綠色污染區時，才能被發現。一旦發生蔓延極快。常發生在第一潮菇以后。
菌床上發生霉菌污染后，要盡快挖除帶菌的培養基。加強菇床通風，出菇期間不要把水噴到菇體上，防止菇叢染上細菌病害并由于提高床溫而誘發霉菌繁殖。
(二)常見害蟲菇蚊、菇蠅和螨類
這些害蟲多發生在生產后期，因為栽培前期溫度較低，不易發生這些害蟲。防治的辦法，是生產后期(菇房溫度提高到18℃以上時)，可預防性在菇房內噴施一些殺蟲、殺螨劑。
(三)病蟲綜合防治措施
掌握金針菇與雜菌的生長規律，采取一系列積極的生態防治手段。
1.低溫栽培 幾乎所有的雜菌的孢子、芽孢或其休眠體，都要在24℃以上才能萌發。而金針菇菌絲體在7~11℃的低溫條件下生長良好，加之金針菇又是低溫結實性菌類，因此金針菇具備低溫栽培的條件。而低溫栽培是防治病蟲害的最重要手段。
2.低濕養菌 金針菇菌絲在料水比1：0.5~1：0.9條件下仍能繼續生長，在料水比為1：1~1：1.5時，生長較快，不易污染其他雜菌，而料水比達到1：2.1時，金針菇菌絲停止生長，并全部污染雜菌。這是由于培養料水分過多，一則沖淡了菌體細胞原生質濃度，使之抵抗力下降，易染雜菌，二則培養料水分過多，會造成空氣不足，使菌絲的呼吸作用受到抑制，導致菌絲早衰而染菌。所以在拌料時掌握好料水比；菌絲生長期間，培養室空氣濕度要適合；出菇期間，不要將水噴到菇床上，這些低濕培菌措施可使菌絲生長旺盛，菇體生長健壯，而雜菌得到控制。
3.添加營養物質 麥麩、玉米粉、米糠等不僅是金針菇生育的良好營養劑，而各種雜菌對其也非常喜愛。有人認為，添加這些營養物質，由于它含有淀粉和可溶性糖分等營養，易被雜菌利用，常造成污染。我們認為在低溫栽培前提下，加大菌種用量，可使金針菇在豐富的營養物質中短期內就會占領菌床。多次實驗與生產實踐證明，添加糧食類營養的培養基比純棉籽殼培養基成活率高，菌絲占床快。注意前提是低溫，如果環境溫度超過15℃，就不要添加上述營養物質。
另外，加強通風管理，使用優質、新鮮的菌種也是重要的措施。
1.細菌性根腐病 病原菌為腸桿菌，歐文氏桿菌屬，桿狀，周生鞭毛。侵染初期，在培養基表面，菇叢中浸出白色混濁的液滴。使菇柄很快腐爛，褐變成麥芽糖色，最后呈黑褐色，發黏變臭。產生根腐病的根本原因是把帶菌的水直接噴到菇體上，由于菇叢很密，表面面積很大，呼吸作用很強，水分不能及時散失，就產生熱量，病原菌便在適溫條件下大量繁殖生長，產生根腐病。防治的主要方法是，禁止將水噴到菇體上。一旦發病，要立即采收，對菌床進行噴施1‰多菌靈處理。
2.霉菌污染 霉菌是金針菇的大敵。冬季生料栽培金針菇為害最嚴重的屬木霉和青霉。
木霉有許多種，如綠色木霉、康氏木霉、多孢木霉等。易與青霉混合發生，外觀顏色略不同，青霉感染色較深，呈藍綠色，而木霉色淺，多呈綠色或銅綠色。經培養后，用顯微鏡觀察，木霉的菌絲有橫隔，蔓延生長，形成平的菌落，菌絲無色，向上伸出直立的分生孢子梗，孢子梗再分支成兩個相對的側支，最后形成小梗，小梗的頂端有成簇的分生孢子。菇床上一旦發生木霉，會很快延伸到子實體上。
青霉，在自然環境中分布很廣，極易感染。條件適宜經1~2d孢子萌發成菌絲，并很快發育成白色菌絲體。初期難以辨認，直到長出許多綠色孢子并在培養料表面看到形狀不規則、大小不等的藍綠色污染區時，才能被發現。一旦發生蔓延極快。常發生在第一潮菇以后。
菌床上發生霉菌污染后，要盡快挖除帶菌的培養基。加強菇床通風，出菇期間不要把水噴到菇體上，防止菇叢染上細菌病害并由于提高床溫而誘發霉菌繁殖。
(二)常見害蟲菇蚊、菇蠅和螨類
這些害蟲多發生在生產后期，因為栽培前期溫度較低，不易發生這些害蟲。防治的辦法，是生產后期(菇房溫度提高到18℃以上時)，可預防性在菇房內噴施一些殺蟲、殺螨劑。
(三)病蟲綜合防治措施
掌握金針菇與雜菌的生長規律，采取一系列積極的生態防治手段。
1.低溫栽培 幾乎所有的雜菌的孢子、芽孢或其休眠體，都要在24℃以上才能萌發。而金針菇菌絲體在7~11℃的低溫條件下生長良好，加之金針菇又是低溫結實性菌類，因此金針菇具備低溫栽培的條件。而低溫栽培是防治病蟲害的最重要手段。
2.低濕養菌 金針菇菌絲在料水比1：0.5~1：0.9條件下仍能繼續生長，在料水比為1：1~1：1.5時，生長較快，不易污染其他雜菌，而料水比達到1：2.1時，金針菇菌絲停止生長，并全部污染雜菌。這是由于培養料水分過多，一則沖淡了菌體細胞原生質濃度，使之抵抗力下降，易染雜菌，二則培養料水分過多，會造成空氣不足，使菌絲的呼吸作用受到抑制，導致菌絲早衰而染菌。所以在拌料時掌握好料水比；菌絲生長期間，培養室空氣濕度要適合；出菇期間，不要將水噴到菇床上，這些低濕培菌措施可使菌絲生長旺盛，菇體生長健壯，而雜菌得到控制。
3.添加營養物質 麥麩、玉米粉、米糠等不僅是金針菇生育的良好營養劑，而各種雜菌對其也非常喜愛。有人認為，添加這些營養物質，由于它含有淀粉和可溶性糖分等營養，易被雜菌利用，常造成污染。我們認為在低溫栽培前提下，加大菌種用量，可使金針菇在豐富的營養物質中短期內就會占領菌床。多次實驗與生產實踐證明，添加糧食類營養的培養基比純棉籽殼培養基成活率高，菌絲占床快。注意前提是低溫，如果環境溫度超過15℃，就不要添加上述營養物質。
另外，加強通風管理，使用優質、新鮮的菌種也是重要的措施。
