采收當金針菇長到15至16厘米長，菌蓋內卷呈半球形、直徑1至1.5厘米時，即可采摘。一手按住瓶、袋口或菇床，一手輕輕握住菇，從培養基質上拔下，基部切除干凈，放在適合的容器里。瓶栽產量每瓶100至180克。
分級金針菇采收后即進行分級，分級標準如下。
一級菇菌柄長15厘米、菌蓋直徑約在1厘米以下，內卷、白色（或菇體三分之二白色、三分之一淡黃色），圓整、無畸形菇、無腐爛變質、無病蟲害。
二級菇菌柄長13厘米、菌蓋直徑約在1.5厘米以下。菌蓋內卷、菇體白色（或菇體二分之一白色、二分之一為淡黃色或金黃色）、圓整、無畸形菇、無病蟲害、無腐爛變質的。
三級菇菌柄長短于6厘米或長于20厘米，菌蓋直徑不超過2.5厘米，菇體金黃色或淡咖啡色，并且無畸形、無病蟲害、無腐爛變質。
保鮮與加工金針菇的保鮮可采用抽真空后低溫（4攝氏度）保藏，時間為25至30攝氏度。另外，也可制成清水罐頭、烤成干品和進行鹽漬加工。
分級金針菇采收后即進行分級，分級標準如下。
一級菇菌柄長15厘米、菌蓋直徑約在1厘米以下，內卷、白色（或菇體三分之二白色、三分之一淡黃色），圓整、無畸形菇、無腐爛變質、無病蟲害。
二級菇菌柄長13厘米、菌蓋直徑約在1.5厘米以下。菌蓋內卷、菇體白色（或菇體二分之一白色、二分之一為淡黃色或金黃色）、圓整、無畸形菇、無病蟲害、無腐爛變質的。
三級菇菌柄長短于6厘米或長于20厘米，菌蓋直徑不超過2.5厘米，菇體金黃色或淡咖啡色，并且無畸形、無病蟲害、無腐爛變質。
保鮮與加工金針菇的保鮮可采用抽真空后低溫（4攝氏度）保藏，時間為25至30攝氏度。另外，也可制成清水罐頭、烤成干品和進行鹽漬加工。
