一、黑斑病是一種由假單孢菌引起的細菌性病害。發病后，金針菇菌蓋出現橢圓形褐色或深褐色斑點，初為針尖狀，擴大后直徑為2～4毫米，邊緣整齊，有時菌蓋開裂。防治方法：控制好溫度和濕度。給菇房灑水時，不可將水直接灑在金針菇子實體上，禁止用冷水噴灑。菇房內的濕度不宜長時間超過90%，要看天氣變化灑水，晴天灑水要輕、勤、細，陰雨天要少灑或不灑水。每次灑水后應加強通風，然后覆蓋地膜。出菇期間室內氣溫應調為17℃左右。發病后要及時將病菇摘除，并噴灑100～200國際單位的農用鏈霉素或漂白粉600倍液進行防治。

二、銹斑病是由假單孢菌引起的細菌性病害，主要浸染金針菇菌蓋，初期為針頭狀，后擴大為芝麻粒大小，邊緣雖不整齊，但病斑可連接成不規則的大銹斑。防治方法：對菇房灑水時不要直接灑向子實體，灑水后應及時通風，室內空氣的相對濕度不要長時間超過95%，菌袋表面覆蓋地膜要待子實體水分晾干后進行。發病初期，可用50%的多菌靈800倍液，或100～200國際單位的農用鏈霉素噴灑。