豬感染腦脊髓炎病后在臨床癥狀中，表現出的四肢癱瘓、尖叫、眼瞼水腫等癥狀很容易與腦膜炎型鏈球菌、仔豬水腫病、偽狂犬病、食鹽中毒病混淆，所以在診斷本病時要進行鑒別診斷。
鏈球菌病
腦膜炎型鏈球菌病，多發于6-7月，大面積爆發，大小豬均可感染病，而本病多為個別30-50千克體重的豬發病，可在本群豬內傳染發病，有時也可發生波浪狀流行，即一部分豬感染發病過后，過一個階段另一部分豬在發病，多位散發性，腦脊髓炎型豬前后均麻痹。四肢僵硬不能站立，倒向一側，而腦膜炎型鏈球菌豬僅為后肢麻痹，做圓圈運動或無目的的行走，頭頸及前肢呈強直痙攣，躺地后四肢呈游泳姿勢劃動
仔豬水腫病
仔豬水腫病不但眼瞼水腫，而且咽喉部、頭、頸以及下胸與前肢內側均水腫，而本病僅眼瞼水腫，本病體溫升高，而水腫病體溫一般無變化，仔豬水腫病咳嗽、嘔吐、后肢輕度麻痹，而本病無此癥狀。
偽狂犬病
偽狂犬病精神興奮，奔跑前沖，視力差及撞墻，有咬人咬物傾向，患處皮膚奇癢、四肢開張、常向一側轉行，本病無此癥狀。
食鹽中毒
食鹽中毒的豬口渴飲水多，尿少或無尿，興奮時奔跑，瞳孔散大、服下皮膚發紺，有吃食鹽過量史。
鏈球菌病
腦膜炎型鏈球菌病，多發于6-7月，大面積爆發，大小豬均可感染病，而本病多為個別30-50千克體重的豬發病，可在本群豬內傳染發病，有時也可發生波浪狀流行，即一部分豬感染發病過后，過一個階段另一部分豬在發病，多位散發性，腦脊髓炎型豬前后均麻痹。四肢僵硬不能站立，倒向一側，而腦膜炎型鏈球菌豬僅為后肢麻痹，做圓圈運動或無目的的行走，頭頸及前肢呈強直痙攣，躺地后四肢呈游泳姿勢劃動
仔豬水腫病
仔豬水腫病不但眼瞼水腫，而且咽喉部、頭、頸以及下胸與前肢內側均水腫，而本病僅眼瞼水腫，本病體溫升高，而水腫病體溫一般無變化，仔豬水腫病咳嗽、嘔吐、后肢輕度麻痹，而本病無此癥狀。
偽狂犬病
偽狂犬病精神興奮，奔跑前沖，視力差及撞墻，有咬人咬物傾向，患處皮膚奇癢、四肢開張、常向一側轉行，本病無此癥狀。
食鹽中毒
食鹽中毒的豬口渴飲水多，尿少或無尿，興奮時奔跑，瞳孔散大、服下皮膚發紺，有吃食鹽過量史。
