HEV感染須與捷申病（豬傳染性腦脊髓炎）和偽狂犬病相區分。后兩種病顯示的腦脊髓炎通常比HEV感染更為嚴重，而且無論大、小豬都有發生。大豬出現呼吸道癥狀，母豬出現流產是偽狂犬病的典型表現。病毒培養時，這些病毒均能在PK和豬甲狀腺細胞培養中生長，但在PK細胞中，CPE有所不同。此外，HEV有血凝性，其他兩種病毒沒有血凝性，據此也可區分它們。
豬血凝性腦脊髓炎沒有臨床特征，根據癥狀和流行情況只能做出推測性診斷。因此，臨診本病困難。
豬血凝性腦脊髓炎沒有臨床特征，根據癥狀和流行情況只能做出推測性診斷。因此，臨診本病困難。
