在菌種分離、提純及轉擴過程中常因細菌污染而失敗報廢，在菌袋培養過程中培養料遭細菌污染和大量繁殖后，可導致培養料變質、菌絲生長受抑制或不能生長，并散發出臭味。引起污染的細菌主要有芽孢桿菌屬(Bacillus)和熒光假單孢桿菌屬(Pseudomonas)中的多種細菌。
這些細菌的來源包括如下幾個途徑：①空氣中飄浮有細菌的芽胞，分離、轉擴及接種過程不是在無菌環境下進行操作而發生污染；②培養基或培養料本身帶有細菌，消毒滅菌操作過程未將所有細菌殺死；③操作人員本身帶有的細菌在操作過程引起污染；④培養袋受機械損傷或鼠害等原因造成破損后受細菌污染。
菌種受細菌污染后如不能及時將細菌清除，受污染的菌種則不能使用和保存。栽培袋受細菌嚴重污染后，金針菇的菌絲生長受阻或菌袋不能出菇。污染細菌在實驗室的平板培養皿或斜面試管的培養基表面形成圓形或近圓形，表面光滑或有皺紋，稍隆起，黏稠狀的白色、乳白色或黃白色菌落，肉眼容易識別。但在菌種瓶或栽培袋的培養料中，則主要依靠觀察金針菇菌絲生長狀態及用嗅覺發現有無異味而判斷。各種引起污染的細菌均適宜在較高溫度和濕度條件下生長，培養料呈弱堿性時也有利細菌生長。含有一定濃度鏈霉素或土霉素的培養料可有效抑制細菌的生長。
這些細菌的來源包括如下幾個途徑：①空氣中飄浮有細菌的芽胞，分離、轉擴及接種過程不是在無菌環境下進行操作而發生污染；②培養基或培養料本身帶有細菌，消毒滅菌操作過程未將所有細菌殺死；③操作人員本身帶有的細菌在操作過程引起污染；④培養袋受機械損傷或鼠害等原因造成破損后受細菌污染。
菌種受細菌污染后如不能及時將細菌清除，受污染的菌種則不能使用和保存。栽培袋受細菌嚴重污染后，金針菇的菌絲生長受阻或菌袋不能出菇。污染細菌在實驗室的平板培養皿或斜面試管的培養基表面形成圓形或近圓形，表面光滑或有皺紋，稍隆起，黏稠狀的白色、乳白色或黃白色菌落，肉眼容易識別。但在菌種瓶或栽培袋的培養料中，則主要依靠觀察金針菇菌絲生長狀態及用嗅覺發現有無異味而判斷。各種引起污染的細菌均適宜在較高溫度和濕度條件下生長，培養料呈弱堿性時也有利細菌生長。含有一定濃度鏈霉素或土霉素的培養料可有效抑制細菌的生長。
