在箱底層先放一層培養料，大約6厘米厚，順著箱子長度方向，等距離地放5根優質菌棒，往菌棒間撒培養料，使菌棒被埋上一半、露出一半為好。菌棒與箱板之間的空隙不栽天麻，而在菌棒與菌棒之間的間隙栽4行天麻，或者在菌棒與箱板之間也栽上天麻，可以栽6行。在菌棒旁邊緊靠菌棒把麻種放好。為了使天麻有足夠的營養供應，在菌棒與菌棒之間加5～6根菌枝，再填好基礎培養料至箱的一半。為了更合理的地利用箱子的有效空間，應該先放一層新鮮菌材，再放培養料至滿箱。經過1～2個月的培養，可以把上層這些菌材培養成菌棒。用菌棒再來栽培天麻或作為擴菌用都可以。