辣椒的根部病害常造成辣椒的死苗，嚴重者成片死亡，甚至絕收，辣椒的根部病害主要有3種，即辣椒的疫病、根腐病和青枯病。據調查，在辣椒根部病害中，疫病占80％、根腐病占5％、青枯病占15％～20％，而從近年的發病趨勢看，青枯病所占比例逐步上升。
從發病部位來看，疫病主要在地表以上莖基部發生，初期產生水漬狀病斑，擴展后呈7～10cm的大型病斑，后期病部變黑褐，皮層軟化腐爛，莖縊縮。根腐病發生在地表以下，近地表，主要是植株表皮腐爛，易剝落。青枯病則發生在根尖，造成維管束變褐。
辣椒根病的防治要以預防為主，防治結合。要從育苗開始，把住各個環節，針對用藥，就可收到事半功倍的效果。
1育苗床土消毒處理
溫室辣椒9月份育苗時，此時地溫在25～28℃，正是根部病害的發病適期，一定要做好土壤處理。育苗床土選用2年來未種過茄果類菜的大田土，苗床整好后，按苗床面積每平方米分別用藥10g準備。疫病用70％乙磷錳鋅可濕性粉劑，根腐病用50％多菌靈可濕性粉劑，青枯病選用70％Dt可濕性粉劑。分別按苗床面積稱取藥后混合，并加干細土1kg混勻，然后撒到畦面上，劃鋤、摟平，然后再澆水、撒種子、蓋土、覆膜。這樣可同時預防這3種病及苗期猝倒苗的發生。
2分苗苗床的土壤處理
按苗量大小整好分苗苗床，然后按每平方米分別配以上3種藥粉10g，再與10倍的干細土混勻，撒在整好的苗床上，同樣劃鋤、摟平，然后按株行距要求開溝，澆足水，水未滲下時立即栽苗、覆土、蓋膜。
3定植時按穴施藥
溫室辣椒定植適期一般在1月下旬，定植前按每1000穴備乙磷錳鋅0.5kg、多菌靈0.5kg、Dt0.5kg，混合后加15kg干細土混勻。定植時，將藥土均勻撒入定植穴中即可，一般一把藥土可撒4穴，撒好后再栽苗、澆水。
4重茬地全棚施藥
對于重茬地塊來說，相對發病較重，如有可能，最好輪作倒茬。如實在不行，一方面要深翻曬土，增施有機肥，增強植株的抗性，另一方面，進行全棚施藥，提前預防。其用藥品種同上，按栽培面積計算，每平方米用藥10g。定植前地深翻整平后，按藥量加10倍的細干土，均勻撒在地平面，鋤劃后摟平。全棚施藥對重病地塊同樣適用。
5發病初期灌根防治
每年的3月下旬至4月份，是辣椒根病的發病高峰期。此時要按辣椒的多少，用以上3種藥分別按500倍量配好后灌根。有點片病株的苗及周圍苗按每棵0.5kg在根部灌入藥液，其余按每穴0.2～0.3kg藥液灌根。10天1次，連灌2次，灌根后暫不澆水，可基本控制病害蔓延。
從發病部位來看，疫病主要在地表以上莖基部發生，初期產生水漬狀病斑，擴展后呈7～10cm的大型病斑，后期病部變黑褐，皮層軟化腐爛，莖縊縮。根腐病發生在地表以下，近地表，主要是植株表皮腐爛，易剝落。青枯病則發生在根尖，造成維管束變褐。
辣椒根病的防治要以預防為主，防治結合。要從育苗開始，把住各個環節，針對用藥，就可收到事半功倍的效果。
1育苗床土消毒處理
溫室辣椒9月份育苗時，此時地溫在25～28℃，正是根部病害的發病適期，一定要做好土壤處理。育苗床土選用2年來未種過茄果類菜的大田土，苗床整好后，按苗床面積每平方米分別用藥10g準備。疫病用70％乙磷錳鋅可濕性粉劑，根腐病用50％多菌靈可濕性粉劑，青枯病選用70％Dt可濕性粉劑。分別按苗床面積稱取藥后混合，并加干細土1kg混勻，然后撒到畦面上，劃鋤、摟平，然后再澆水、撒種子、蓋土、覆膜。這樣可同時預防這3種病及苗期猝倒苗的發生。
2分苗苗床的土壤處理
按苗量大小整好分苗苗床，然后按每平方米分別配以上3種藥粉10g，再與10倍的干細土混勻，撒在整好的苗床上，同樣劃鋤、摟平，然后按株行距要求開溝，澆足水，水未滲下時立即栽苗、覆土、蓋膜。
3定植時按穴施藥
溫室辣椒定植適期一般在1月下旬，定植前按每1000穴備乙磷錳鋅0.5kg、多菌靈0.5kg、Dt0.5kg，混合后加15kg干細土混勻。定植時，將藥土均勻撒入定植穴中即可，一般一把藥土可撒4穴，撒好后再栽苗、澆水。
4重茬地全棚施藥
對于重茬地塊來說，相對發病較重，如有可能，最好輪作倒茬。如實在不行，一方面要深翻曬土，增施有機肥，增強植株的抗性，另一方面，進行全棚施藥，提前預防。其用藥品種同上，按栽培面積計算，每平方米用藥10g。定植前地深翻整平后，按藥量加10倍的細干土，均勻撒在地平面，鋤劃后摟平。全棚施藥對重病地塊同樣適用。
5發病初期灌根防治
每年的3月下旬至4月份，是辣椒根病的發病高峰期。此時要按辣椒的多少，用以上3種藥分別按500倍量配好后灌根。有點片病株的苗及周圍苗按每棵0.5kg在根部灌入藥液，其余按每穴0.2～0.3kg藥液灌根。10天1次，連灌2次，灌根后暫不澆水，可基本控制病害蔓延。
