設施大棚茄子在生長過程中，由于適宜的暖濕性條件，十分利于灰霉病、菌核病的發生與危害。許多菜農在對付兩病時只想到了化學防治，而忽視了其他農業措施的先前介入應用，結果出現殺菌劑越用病害越加重。所以，應在病蟲害尚未發生或者輕發生時盡早采取有效農業措施：
（1）選擇無灰霉病、菌核病及煙粉虱發生的田塊作為設施大棚搭建地塊。
（2）大棚兩側開挖一定深度的排水溝渠，確保大棚區域灌溉及雨季排水通暢。
（3）選擇無煙粉虱蟲卵的健壯茄子秧苗移栽進大棚，控制棚內茄子移栽密度。
（4）兩頭棚門及兩側裙邊加設防蟲網。
（5）進入茄子生長中后期，尤其盛花易感病期，加強大棚通風，降低棚室濕度。
（6）加強棚內巡查，盡早發現漏網之蟲（即煙粉虱，包括飛舞著的和停息在葉片上的成蟲及茄子植株中下部葉片背面附著的卵、若蟲和偽蛹），及時查見灰霉病與菌核病病株。對于煙粉虱成蟲，利用其趨黃性懸掛黃色粘蟲板誘殺，對于附著葉片背面的非成蟲則盡量結合整枝摘病、老葉時也一并摘除；對于灰霉病與菌核病的病組織殘體盡快清理。在此需要特別值得注意的是，上述摘除的病花、病葉、病枝條（菌核病）、病果、蟲葉，不能隨手丟棄在大棚設施內，必須隨手統一放入塑料袋或者其它可以存放的器皿內，然后全部帶出棚外集中焚燒或者噴施殺菌劑和殺蟲劑后深度填埋。如果病殘體及蟲葉仍舊滯留棚內，就會造成病蟲再次侵染與危害，達不到預期效果。
