微生物發酵飼料的作用機理：
1、競爭性抑制：包括營養和定殖位點（阻止有害微生物在腸粘膜附著與繁殖）的競爭。
2、改善腸道PH值，抑制其它病原性生物的生長。
3、抑菌作用，腸道內形成酸性環境，起到殺菌作用；產生溶菌酶抑制病原菌的生長。
4、補充營養成分。直接飼用生物發酵飼料中的有益菌在腸道內代謝可產生多種消化酶、氨基酸、維生素 。
5、提高機體免疫功能。微生物發酵飼料中的有益菌是良好的免疫激活劑，它們能刺激腸道免疫器官生長，激發機體發生體液免疫和細胞免疫。
競爭性抑制：
包括營養和定殖位點（阻止有害微生物在腸粘膜附著與繁殖）的競爭。健康畜禽腸道內生長著各種各樣的微生物群落，各種微生物群落之間相互依存、相互制約，構成畜禽腸道內微生態平衡狀態，建立一個正常且平衡良好的腸道微生物區系對抵御病原性微生物感染具有十分重要的作用。
由于微生物之間存在著相互作用，某一生態系統中現存的微生物會阻止新的有機體在這一部位的入侵，如嗜酸乳桿菌對豬腸道上皮的親附能力非常強，從而減少大腸桿菌與腸道上皮結合的機會。因此對那些菌群形成遲緩或有障礙的幼小動物服用
現代孵化方法養殖的小雞因沒有接觸過成年的雞，不能象農莊圈養的雞那樣迅速地建立起腸道菌群，給小雞接種適當的腸道微生物，幫它們建立起自己的腸道菌群，就能提高其對沙門氏菌的抗性，而對于成年動物，由于許多微生物只能在腸道內存活相當一段時間，因此必須飼喂有大量益生菌的飼料才能保持某一微生物在腸道內的定殖。
在某些情況下，如應激、疾病，以及長期使用廣譜抗菌藥等，都可造成腸道內微生態平衡的破壞。而飼喂微生物飼料，有益的微生物到達消化道后，在消化道內迅速繁殖，在數量上便占絕對優勢，加上它們生長代謝造成厭氧環境，就大大抑制了那些需氧性致病菌原生長繁殖。微生物制劑有著十分重要的意義。
改善腸道環境：
通過產生有機酸如乳酸和乙酸使消化道內pH值降低，抑制其它病原性生物生長，從而保持或恢復腸道內微生物群落的平衡，達到防病促生長的目的。
抑菌作用：
許多乳酸菌和鏈球菌可以產生細菌素，如乳酸鏈球菌肽等，這些多肽類物質能抑制沙門氏菌、志賀氏菌、綠膿桿菌和大腸桿菌的生長。
在某些條件下，有些乳酸菌可以產生少量的過氧化氫，過氧化氫可以抑制許多細菌的生長，尤其是革蘭氏陰性病原菌。
由于大腸內的乳酸過氧化氫酶一硫氨酸鹽反應系統被激活的結果，其反應產物可以抑制細菌的生長，也可以形成酸性環境，從而起到殺菌的作用。另外有些有益微生物可以產生溶菌酶，從而抑制病原菌的生長 。
補充營養成分、防止有害物質：
直接飼用微生物制劑中的有益菌在腸道內代謝可產生多種消化酶、氨基酸、維生素（K、C、B1、B2、泛酸、煙酸、生物素、肌醇和葉酸等）以及其它一些代謝產物作為營養物質被畜禽機體吸收利用，從而促進畜禽的生長發育和增重。
由于直接飼用微生物能促進營養物質的消化吸收，因而可減少氨和其它腐敗物質的產生。研究表明：飼喂發酵飼料可以減少內容物、糞便、門靜脈中的氨含量以及腸內容中的對甲酚、吲哚、3一甲基吲哚等腐敗物質的含量，緩解糞便臭味，凈化畜禽環境。此外，直接飼用生物發酵飼料有益菌在腸道內能生長形成致密性膜菌群，形成生物屏幕，防止有害物質和廢物的吸收。
提高免疫功能：
微生物發酵飼料中的有益菌具良好的免疫激活功能，它們能刺激腸道免疫器官生長，激發機體發生體液免疫和細胞免疫。直接飼用微生物發酵飼料可以提高畜禽抗體水平或提高巨噬細胞的活性，增強免疫功能，及時殺滅侵入體內致病菌，從而防止疾病的發生。
