島本酵素菌技術是日本名古屋市島本家族三代人歷經80多年持續研究的成果。該技術的理論基礎為自然生態學和營養免疫學，秉持“酶是生命之本”的核心觀點，在自然環境中篩選出具有競爭優勢的酵素菌群，主要由細菌、放線菌和酵母菌3個大類、24種有益生物菌組成，既有好氧菌又有厭氧菌，既有低溫菌又有高溫菌。

　　酵素菌群能夠產生多種強活性的酶，好氣性發酵能力很強，能迅速將有機質催化分解形成腐殖質從而提高土壤理化活性，為植物根系的生長壯大營造了良好的微生態環境。這是島本酵素菌技術最重要的功效，因為“根系培育不好，作物繁茂不了；只有造好土，育好根才是栽培作物的根本之道”（島本覺也）。酵素菌群在新陳代謝中會產生多種酶和活性物質，如淀粉酶、蛋白分解酶以及VB、核酸等活性物質，可以有效分解難溶礦物質、纖維素等物質，可以提高化肥的利用率。這些產物又能為菌群中放線菌提供營養物質，促進放線菌產生抗菌物質，抑制有害菌群的繁殖生長，減少作物病害。酵素菌群在代謝過程能產生一定ATP能量再加上其對土壤團粒結構的改善，能夠讓土壤均溫提升2—3度，橘子在日本寒冷地區也能生長。

　　島本酵素菌技術是一個完整的技術體系，由三部分組成：一、用酵素菌對作物秸稈、豆餅、魚渣，棉籽餅、骨粉、木屑等進行有氧發酵，增加土壤有機質含量，改善土壤生態環境。二、用酵素菌對化肥、山土、頁巖等進行有氧發酵，能提高化肥利用率，為土壤補充礦物元素。三、用酵素菌加紅糖發酵后的菌液，加醋葉面噴施。這既是植物殺菌劑也是植物生長調節劑，促進作物生長，改善產品品質。相應的酵素菌產品有三類，酵素菌堆肥和作物重茬專用肥（土曲子），酵素菌粒狀肥和液體肥，酵素菌葉面噴肥。