酵母菌是子囊菌亞門酵母科(Saccharomycetaceae)的一類真菌，該類真菌與一般真菌不同的是不形成絲狀的菌絲，在馬鈴薯蔗糖瓊脂培養基上生長時，其菌落形態與細菌的菌落形態在些相似，呈黏稠狀或漿糊狀。菌落的顏色則因酵母菌的種類不同而不同，有的呈乳白色，有的呈粉紅色或肉紅色，有的呈乳黃色等；菌落的邊緣有的整齊光滑，有的則不整齊或呈不規則形；菌落表面有的有皺褶，有的則表面光滑；菌落隆起高度也不一致。但不論哪一種酵母菌，放在顯微鏡下觀察時，在400~600倍視野下可清楚觀察到大量圓形或卵圓形、無色、單細胞的菌體，并可看到其芽殖的孢子形態及芽殖孢子。如果是細菌在這種放大倍數視野下是觀察不到其菌體形狀的。
菌種分離、提純及轉管擴大過程受酵母菌污染后，除銀耳、木耳的芽孢菌種與它不易分辨外，其他菌絲狀生長的菌落均易區別，但在栽培過程中，當瓶(袋)內的培養料受酵母污染后，肉眼不易看出受污染的癥狀表現，可從接入后的金針茹菌絲生長情況及是否可嗅到培養料散發的酒酸氣味加以判斷，而進一步的確定可通過顯微鏡檢查。
菌種生產或栽培過程中，當培養料本身帶有酵母菌，拌料裝瓶、裝袋后，滅菌不徹底，特別是采用常壓蒸汔滅菌時因溫度上升緩慢和達不到100℃左右的溫度要求及保溫時間，悶鍋時間過長，可引發酵母菌大量繁殖而使培養料發酵變酸，或在接種后發菌期間菌袋堆積和處于過高溫度培養條件下，也可引發菌袋內酵母菌大量繁殖，造成發菌不好或不發菌現象。
菌種分離、提純及轉管擴大過程受酵母菌污染后，除銀耳、木耳的芽孢菌種與它不易分辨外，其他菌絲狀生長的菌落均易區別，但在栽培過程中，當瓶(袋)內的培養料受酵母污染后，肉眼不易看出受污染的癥狀表現，可從接入后的金針茹菌絲生長情況及是否可嗅到培養料散發的酒酸氣味加以判斷，而進一步的確定可通過顯微鏡檢查。
菌種生產或栽培過程中，當培養料本身帶有酵母菌，拌料裝瓶、裝袋后，滅菌不徹底，特別是采用常壓蒸汔滅菌時因溫度上升緩慢和達不到100℃左右的溫度要求及保溫時間，悶鍋時間過長，可引發酵母菌大量繁殖而使培養料發酵變酸，或在接種后發菌期間菌袋堆積和處于過高溫度培養條件下，也可引發菌袋內酵母菌大量繁殖，造成發菌不好或不發菌現象。
