溫室內濕度大、通風差、光照弱，要想控制番茄徒長，預防病害發生，促進花蕾及果實發育，獲得較高的產量，合理整枝是一項關鍵技術。對番茄進行整枝可以控制病害發生、提高座果率、提早成熟、增加單果重、提高果實整齊度，使果實發育及著色良好，可明顯增加產量和改善品質。

　　一、單干整枝法

　　單干整枝法是目前番茄生產上普遍采用的一種整枝方法。進行單干整枝時每株只留一個主干，把所有側枝都陸續摘除，主干也留一定果穗數摘心。打杈時一般應留１～３片葉，不宜從基部掰掉，以防損傷主干。留葉打杈可以增加營養面積，促進植株生長發育，特別是可促進杈附近的果實生長發育。摘心時一般在最后一穗果的上部留２～３片葉，否則這一果穗的生長發育將會受到很大影響，甚至落花落果或發育不良，產量、品質明顯下降。單干整枝法具有適宜密植栽培、早熟性好、技術簡單等優點，缺點是用苗量較大，提高了成本，且植株易早衰，總產量不高。

　　二、雙干整枝法

　　雙干整枝法是在單干整枝法的基礎上，除留主干外再選留一個側枝作為第二主干結果枝。一般應留第一花序下的第一側枝，因為根據營養運輸由“源”到“庫”的原則和營養同側運輸原理，這個主枝比較健壯，生長發育快，很快就可以與第一主干平行生長、發育。雙干整枝法的管理分別與單干整枝法的管理相同。雙干整枝可節省種子和育苗費用，植株生長期長，長勢旺，結果期長，產量高，其缺點是早期產量低且早熟性差。

　　三、改良式單干整枝法

　　在主干進行單干整枝的同時，保留第一花序下的第一側枝，待其結１～２穗果后留２～３片葉摘心。改良式單干整枝法兼有單干整枝法和雙干整枝法的優點，生產上值得推廣。

　　四、三干整枝法

　　在雙干整枝的基礎上保留第一主干第二花序下的第一側枝或第二主干第一花序下的第一側枝做第三主干，這樣每株番茄就有了３個大的結果枝。這種整枝法在栽培上很少被采用，但在番茄制種中有所應用。

　　五、連續摘心換頭整枝法

　　當主干第二花序開花后，基部留２～３片葉摘心。主干就叫第一結果枝，保留第一結果枝第一花序下的第一側枝做第二結果枝。第二結果枝第二花序開花后，在其上留２～３片葉進行摘心，再留第二結果枝上第一花序下的第一側枝做第三結果枝，依此類推。每株番茄可留４～５個甚至更多的結果枝。對于櫻桃番茄等小果型品種，也可采用三穗摘心換頭整枝法，但應用這種整枝法要求肥水充足，以防植株早衰。

　　六、倒“Ｕ”形整枝法

　　結合搭弓形架，先將番茄進行單干整枝管理，然后綁到架上，弓形架最高點與番茄第三穗果高度基本一致。這樣，番茄植株上部開花結果時，上部花穗因為弓形架高度的降低而降低，從而改善了它的營養狀況，提高了上部果穗的產量、品質。采用這種整枝方法要經常去老葉、病葉，以防植株郁閉，影響通風透光。

　　對于發生病毒病的植株應單獨進行整枝，避免人為傳播病害。在整枝過程中，對植株上不做結果枝的側枝不宜過早打掉，一般應留１～２片葉制造養分，以輔助主干生長。打杈、摘心應選晴天下午進行，以利傷口愈合，不要在雨天或水未干時進行，防止病原菌感染。此外，結合整枝還應進行綁蔓及植株矯正，及時摘除老葉、病葉及失去功能的無效葉。