由于雜糧飲料中含有大量的蛋白質、淀粉、纖維素，在生產過程中要注意許多因素，除穩定劑的選擇和使用外，生產過程中水處理、打漿、過濾、均質、滅菌對產品的品質有較大的影響。
以下是一般性雜糧飲料的生產工藝，需要注意的是：由于不同的雜糧其所含的成分和各成分的性質不同，因此，生產時會有所差異。
1．清洗。由于雜糧產品在收取和存貯過程中難免會摻進一些塵土、砂石等雜質，因此，在生產前必須經過嚴格的清洗，并通過過濾等方法把雜質除去。
2．炒制。有部分雜糧如小米、蕎麥等，其本身原有的風味很淡，但通過炒制后可以產生良好的風味。因此，這些雜糧在制成飲料時必須先經過炒制，炒制的條件不同原料有所不同，一般以炒制可以聞到良好的香味而又不焦為準。
3．浸泡。為便于磨漿，雜糧原料在清洗或炒制后都要經過浸泡，使組織軟化。不同原料其浸泡的時間有很大的不同。如小米一般浸泡1—2小時耐即可，而綠豆、紅豆一般需浸泡6—8小時，如用干玉米則甚至要浸泡1—2天(視氣溫而定)。在夏季氣溫高時要每2小時換一次水，冬季則可以4小時左右換—次水。通過浸泡可以軟化細胞結構，提高膠體分散程度和提高蛋白質等營養物質的提取率。
4．磨漿。用60％的配料總量的水(調pH值為7.5—8.0)。加溫為60℃—80℃(大米、小米、蕎麥等易糊化的雜糧不能用熱水，而要直接用冷水，否則會糊化成稀飯狀)用膠體磨磨至直徑5—8mm，用200目過濾，如直徑過大易沉淀分層，影響產品的穩定性。
5．穩定劑的溶解。穩定劑和適量白砂糖干拌加入30倍左右的70℃—80℃熱水中充分溶解，一般需使用膠體磨以加快溶解速度，使之成均勻一致的膠溶液。
6．奶粉和白砂糖溶解。奶粉用適量50℃左右的溫水攪拌溶解、過濾，90％保溫10分鐘殺菌。白砂糖用熱水溶解并煮沸殺菌，然后過濾。
7.混合、調香。將雜糧液、奶液、穩定劑液、糖液等混合并用高速攪拌設備或高剪切設備攪拌均勻，加入香精和其它調味料。
8．均質。均質是生產雜糧飲料不可缺少的工序，其作用對飲料中所含的蛋白質、淀粉等顆粒和脂肪球進行機械破碎細化，避免沉淀分層，提高產品的穩定性并改善產品的口感。應注意均質壓力、溫度、均質次數。一般要求兩次均質，均質的溫度在70℃—80℃之間，第一次均質壓力為20—25MPa，第二次均質壓力為30—40MPa,有利于雜糧飲料的均勻穩定。
9．灌裝。
10．殺菌。雜糧飲料含大量的營養物質很容易變質，影響貨架期。室內常溫保存都要進行高溫滅菌，一般二次滅菌要求5—15—5分鐘／121℃或135℃、3—5秒，但是二次滅菌對產品風味色澤有較大的影響。若能采用超高溫滅菌，然后無菌灌裝，則可以使產品的風味保持得更好。
