水芹品種按葉片形狀分為尖葉芹和圓葉芹兩種類型。尖葉型品種葉片尖，植株較高，適合深水栽培。圓葉型品種葉片近圓形，植株較矮，適合淺水栽培或旱地栽培。生產上常用的水芹優良品種有：
玉祁大黃葉頭芹 無錫市錫山區玉祁鎮地方品種。在無錫、常州、宜興種植較多。株高60～70厘米。葉柄長50厘米左右，淡綠色。小葉卵形，葉片綠色。莖上部青綠色，下部白綠色。莖粗壯，中間充滿薄壁細胞，香味較濃，纖維少，品質優。適合淺水栽培或旱作，畝產3500～5000公斤。
玉祁實莖芹 無錫市錫山區玉祁鎮地方品種。株高48～65厘米。葉柄長45厘米左右。小葉闊卵形。莖粗壯，實心。耐寒，抽薹較晚，可采收到4月下旬。適合淺水栽培或旱作，畝產4000～5000公斤。
蘇芹 蘇州市郊區婁葑鄉地方品種。株高50～55厘米。葉柄長35～40厘米。小葉近圓形，葉片青綠色，葉緣有粗鋸齒。葉柄上部綠色，中部白綠色，水中部分為白色。柄基部粗壯，生長勢弱。纖維含量少，口感好。軟化時耐深埋，適合較深水層栽培。
小青種 常熟市地方品種。在常熟、昆山、張家港等地種植較多。株高50厘米左右。葉片綠色。莖和葉柄上部青綠色，水中部分綠色。莖中空，植株緊湊，生長快，抗凍能力強。經冰凍后葉色仍保持綠色。適合較深水層栽培，畝產3300～4000公斤。
常熟白芹 常熟市地方品種。主要分布于常熟、張家港等地。株高45厘米左右。葉柄長30厘米，葉片黃綠色，小葉卵圓形，但頂部尖，葉緣缺刻淺。葉柄和莖綠白色。生長快，采收期早，纖維少，香氣較濃。葉片的適口性也較好。適合淺水栽培或旱作，畝產4000～5000公斤。
宜興水芹 宜興市地方品種。主要分布在溧水、溧陽和高淳等地。株高50厘米左右。葉柄長35厘米左右，葉柄上部青色，下部白色，葉柄緊抱似莖稈狀。葉片綠色，葉面有皺紋，葉緣缺刻較深。香氣濃，粗纖維少，品質好。適合旱作或淺水栽培，畝產5000公斤左右。
溧陽白芹 溧陽市地方品種。株高45～50厘米。葉柄長30厘米，葉片黃綠色。葉柄地上部分青綠色，土中部分白色。該品種在溧陽地區以旱作為主，也能在淺水田栽培。較耐肥，抗寒性較差。香味濃，口感脆嫩、微甜。旱作畝產2500～3000公斤；水作畝產4000～5000公斤。
揚州白芹 揚州市地方品種。株高70～80厘米。葉柄長50～60厘米，青色，葉柄中空有隔膜。葉片尖葉型，葉色綠，葉緣鈍齒形。耐寒，耐肥，不耐熱，抗病性強。纖維含量中等。有清香味，口感較好。適合較深水層栽培，畝產5000～7500公斤。
大葉水芹 湖南省長沙市地方品種。株高60厘米左右。葉柄長35厘米左右，綠色。莖綠色。葉片深綠色。品質較好。適合淺水栽培，畝產5000公斤左右。
廣州水芹 廣州市地方品種。株高70～80厘米。葉柄長50厘米左右，綠色。葉片淺綠色，小葉菱形。屬尖葉型品種。耐肥，耐熱，不耐寒。適合較深水層栽培，畝產5000～6000公斤。
泰州青芹 泰州市地方品種。株高70厘米左右。葉柄長50厘米，綠色，圓形，中空。葉片淡綠色，小葉披針形。耐肥，耐寒。適合較深水層栽培，畝產5000公斤左右。
常州圓葉芹 常州市地方品種。株高50～65厘米。葉柄長30～40厘米，葉柄露出水面部分綠色，水中部分白色。葉片卵圓形，綠色，纖維少，口感脆嫩，有清香味。耐寒能力強。適合淺水栽培或旱作，水作畝產4000公斤左右，旱作畝產2500公斤左右。
此外，安徽的桐城水芹、江西的景德鎮水芹等也較著名。
玉祁大黃葉頭芹 無錫市錫山區玉祁鎮地方品種。在無錫、常州、宜興種植較多。株高60～70厘米。葉柄長50厘米左右，淡綠色。小葉卵形，葉片綠色。莖上部青綠色，下部白綠色。莖粗壯，中間充滿薄壁細胞，香味較濃，纖維少，品質優。適合淺水栽培或旱作，畝產3500～5000公斤。
玉祁實莖芹 無錫市錫山區玉祁鎮地方品種。株高48～65厘米。葉柄長45厘米左右。小葉闊卵形。莖粗壯，實心。耐寒，抽薹較晚，可采收到4月下旬。適合淺水栽培或旱作，畝產4000～5000公斤。
蘇芹 蘇州市郊區婁葑鄉地方品種。株高50～55厘米。葉柄長35～40厘米。小葉近圓形，葉片青綠色，葉緣有粗鋸齒。葉柄上部綠色，中部白綠色，水中部分為白色。柄基部粗壯，生長勢弱。纖維含量少，口感好。軟化時耐深埋，適合較深水層栽培。
小青種 常熟市地方品種。在常熟、昆山、張家港等地種植較多。株高50厘米左右。葉片綠色。莖和葉柄上部青綠色，水中部分綠色。莖中空，植株緊湊，生長快，抗凍能力強。經冰凍后葉色仍保持綠色。適合較深水層栽培，畝產3300～4000公斤。
常熟白芹 常熟市地方品種。主要分布于常熟、張家港等地。株高45厘米左右。葉柄長30厘米，葉片黃綠色，小葉卵圓形，但頂部尖，葉緣缺刻淺。葉柄和莖綠白色。生長快，采收期早，纖維少，香氣較濃。葉片的適口性也較好。適合淺水栽培或旱作，畝產4000～5000公斤。
宜興水芹 宜興市地方品種。主要分布在溧水、溧陽和高淳等地。株高50厘米左右。葉柄長35厘米左右，葉柄上部青色，下部白色，葉柄緊抱似莖稈狀。葉片綠色，葉面有皺紋，葉緣缺刻較深。香氣濃，粗纖維少，品質好。適合旱作或淺水栽培，畝產5000公斤左右。
溧陽白芹 溧陽市地方品種。株高45～50厘米。葉柄長30厘米，葉片黃綠色。葉柄地上部分青綠色，土中部分白色。該品種在溧陽地區以旱作為主，也能在淺水田栽培。較耐肥，抗寒性較差。香味濃，口感脆嫩、微甜。旱作畝產2500～3000公斤；水作畝產4000～5000公斤。
揚州白芹 揚州市地方品種。株高70～80厘米。葉柄長50～60厘米，青色，葉柄中空有隔膜。葉片尖葉型，葉色綠，葉緣鈍齒形。耐寒，耐肥，不耐熱，抗病性強。纖維含量中等。有清香味，口感較好。適合較深水層栽培，畝產5000～7500公斤。
大葉水芹 湖南省長沙市地方品種。株高60厘米左右。葉柄長35厘米左右，綠色。莖綠色。葉片深綠色。品質較好。適合淺水栽培，畝產5000公斤左右。
廣州水芹 廣州市地方品種。株高70～80厘米。葉柄長50厘米左右，綠色。葉片淺綠色，小葉菱形。屬尖葉型品種。耐肥，耐熱，不耐寒。適合較深水層栽培，畝產5000～6000公斤。
泰州青芹 泰州市地方品種。株高70厘米左右。葉柄長50厘米，綠色，圓形，中空。葉片淡綠色，小葉披針形。耐肥，耐寒。適合較深水層栽培，畝產5000公斤左右。
常州圓葉芹 常州市地方品種。株高50～65厘米。葉柄長30～40厘米，葉柄露出水面部分綠色，水中部分白色。葉片卵圓形，綠色，纖維少，口感脆嫩，有清香味。耐寒能力強。適合淺水栽培或旱作，水作畝產4000公斤左右，旱作畝產2500公斤左右。
此外，安徽的桐城水芹、江西的景德鎮水芹等也較著名。
