危害辣椒的病害主要有病毒病、疫病、細菌性斑點病、炭疽病等。以往辣椒病害的防治多是見病治病、藥劑單一．加之用藥混亂，不但增加防治成本，而且錯過了防治的關鍵時期，防治效果較差。在對病害施之正確診斷的前提下，根據發病情況，配合藥劑進行防治，效果較好。
1)辣椒病毒病：是由黃瓜花葉病毒 (C MV)和煙草花葉病毒(T MV)感染致病的。C MV主要由蚜蟲等傳播， T MV主要是由汁液接觸傳染造成花葉、壞死、落葉、落花、落果，最終出現畸形。一旦被感染，發病率極高，傳播迅速，一般會造成3―6成的減產。甜椒品種極易感病，苗期感病造成的損失最重。黃瓜花葉病毒病 (C MV)由蚜蟲傳播，苗期施抗病毒病藥和苗期防治蚜蟲是防治的關鍵。
2)辣椒疫病：辣椒疫病是由疫霉感染引起的真菌性病害。苗期、成株期均可受害，根、莖、葉、果實都可發病，前期根、莖染病造成死苗，中后期染病常造成整株死亡。移栽期該病傳播快、易感染，會造成大片死苗，連作田較重，病菌孢子借風雨傳播，迅速蔓延成災，損失較重。在移栽前2―5天噴淋1次甲霜靈錳鋅300-500倍液，然后帶藥移栽，能很好的預防疫病、
3）細菌性斑點病：是辣椒上普遍發生的一種細菌性病害，常引起早期大量落葉、落花、落果，影響產量。如果在長期的高溫高濕條件下，葉片上的病斑不形成瘡痂，而是迅速擴展為葉緣焦枯或在葉片上形成許多小斑點，之后引起葉片大量脫落。此外，重茬地、濕地、生長差的田塊發病重。在 辣椒初果前開始施用菌克毒克噴霧，5天一次，連噴三次，預防效果非常好。
4）辣椒炭疽病：辣椒炭疽病是辣椒掛果期的重要病害之一。此病主要危害果實，特別是成熟果實。嚴重時，會造成果實大量腐爛，對產量影響極大。分生孢子主要通過風雨和昆蟲傳播。分生孢子發芽后，從傷口侵入，有多次再侵染。高溫多雨，田間濕度大，氮肥過多，均會加重此病發生。 在辣椒采收中后期用多菌靈加炭疽福美噴施，每7-10天一次，一直用到采收期結束（每次采收應與施藥時間隔開）。
1)辣椒病毒病：是由黃瓜花葉病毒 (C MV)和煙草花葉病毒(T MV)感染致病的。C MV主要由蚜蟲等傳播， T MV主要是由汁液接觸傳染造成花葉、壞死、落葉、落花、落果，最終出現畸形。一旦被感染，發病率極高，傳播迅速，一般會造成3―6成的減產。甜椒品種極易感病，苗期感病造成的損失最重。黃瓜花葉病毒病 (C MV)由蚜蟲傳播，苗期施抗病毒病藥和苗期防治蚜蟲是防治的關鍵。
2)辣椒疫病：辣椒疫病是由疫霉感染引起的真菌性病害。苗期、成株期均可受害，根、莖、葉、果實都可發病，前期根、莖染病造成死苗，中后期染病常造成整株死亡。移栽期該病傳播快、易感染，會造成大片死苗，連作田較重，病菌孢子借風雨傳播，迅速蔓延成災，損失較重。在移栽前2―5天噴淋1次甲霜靈錳鋅300-500倍液，然后帶藥移栽，能很好的預防疫病、
3）細菌性斑點病：是辣椒上普遍發生的一種細菌性病害，常引起早期大量落葉、落花、落果，影響產量。如果在長期的高溫高濕條件下，葉片上的病斑不形成瘡痂，而是迅速擴展為葉緣焦枯或在葉片上形成許多小斑點，之后引起葉片大量脫落。此外，重茬地、濕地、生長差的田塊發病重。在 辣椒初果前開始施用菌克毒克噴霧，5天一次，連噴三次，預防效果非常好。
4）辣椒炭疽病：辣椒炭疽病是辣椒掛果期的重要病害之一。此病主要危害果實，特別是成熟果實。嚴重時，會造成果實大量腐爛，對產量影響極大。分生孢子主要通過風雨和昆蟲傳播。分生孢子發芽后，從傷口侵入，有多次再侵染。高溫多雨，田間濕度大，氮肥過多，均會加重此病發生。 在辣椒采收中后期用多菌靈加炭疽福美噴施，每7-10天一次，一直用到采收期結束（每次采收應與施藥時間隔開）。
