以防為主的綜合防治措施輪作
輪作可能會改變原來的栽培茬次和栽培計劃，易被許多人忽略。其實，輪作的作用是基礎性的，甚至是決定性的。如果1～3年周期的輪作難以實現，至少也要避免年內連作，當然，采取適合本地區的復種制度是最好的選擇，比如，在洛陽溫室中可采取冬芹菜一早春黃瓜一夏豆角一秋延遲番茄的四作四收高效模式。
選取抗病品種
如西粉3號B型、蘇抗5號、蘇抗11號、滿絲、粵勝、強豐等品種，抗（耐）藥性都不錯。同等條件下，易選取早熟、窄葉的番茄品種，有資料顯示，這類品種發病較輕于高株、大秧、大葉品種。
種子處理
茄鏈格孢菌可附在番茄種子上，但不耐熱，52～55℃的熱水20min即可殺死它。如果干熱消毒，72℃下干熱72h效果更好。另外，也可用100倍福爾馬林液浸泡20min，效果也不錯。
棚室消毒
及時清除田間病殘體，進行消毒，通常用45%百菌清煙劑250g/667平方米熏蒸。若是秋茬栽培，可結合進行悶棚，連悶3d，溫度達到60℃時，持續1～2d即可。
營養土配置
肥沃田園土∶有機肥=6∶4過篩，每立方米加入過磷酸鈣1～2Kg，草木灰5～10Kg，磷酸二銨1～1.5Kg，50%多菌靈粉劑80～120g或5%百菌清粉劑120g。播種后，用百菌清與多菌靈混合藥土8～10g/平方米作蓋土（藥土配制方法為：1份藥劑與30份細土摻勻后即可）。
巧治措施
生態防治
早春茬定植時，晝夜溫差大，相對濕度大于80%，利于早疫病的發生與蔓延，應重點調控好溫濕度，尤其定植初期。澆水后及時放風，有條件的可采取暗灌或滴灌形式，連陰天要加強管理，預防雨水倒灌。另外，種植密度不可過大，灌水不可過多，基肥要施足。
化學藥劑防治
早疫病易防難治。因此，應重“防”巧“治”。定植前用1∶1∶300的波爾多液對幼苗噴淋，然后再定植，這樣，既節省農藥與時間，又有較好的防治作用。7～10d后再噴1次。如果已經發病，則可選用50%撲海因可濕性粉劑1000～1500倍，80%大生可濕性粉劑600倍液，50%里利得可濕性粉劑800倍液，70%代森錳鋅500倍液進行荮劑防治。遇連陰天，可用45%百菌清煙劑250g/667平方米或5%百菌清粉劑1000g/667平方米，9天1次，連噴（施）3～4次。此外，瑞枯霉900倍噴霧，防效可達86.4%，而由重慶神農公司推出的防旱疫混合液（圣農素1袋10g＋硫酸銅25g＋食鹽50g＋食醋100g＋水15Kg）效果也更好些。防治竅門化學防治時，如品種抗藥性較強，藥劑濃度可適當加大，但一般不要超過理論濃度的 2倍藥液。今交替用藥往往比單一用藥效果明顯，代森錳鋅在實際應用時表現不穩定，與撲海因交替使用，效果更好。另外，日本或德國的藥劑效果要優于國產藥劑，這主要因為其成分更復雜一些，可殺滅更多的生理小種。若種植面積不大，病斑不是特別多時，可用50%撲海因可濕性粉劑配成180～200倍油劑，涂抹病部，效果更好。該病的病原菌最佳發育溫度26～28℃，與番茄生長白天要求的溫度區段重合，但該病原菌還要求必須是在高濕環境下病原菌才能萌發，其分生孢子亦是隨氣流、雨水傳播，故控制溫室的高濕環境有利于抑制早疫病發生。今為提高植株抗病性，通常噴施以KH2PO4為主要成分的葉面肥，一般在上午9∶00左右噴施，然后迅速通風排濕。早疫病常始發于結果初期，盛發于結果盛期，為避免減產，可在防治同時用0.1%的乙烯利處理，進行催熟，發病嚴重的可摘下青果用0.2%乙烯利涂抹或浸泡催熟，從而減輕病害對產量的影響。
輪作可能會改變原來的栽培茬次和栽培計劃，易被許多人忽略。其實，輪作的作用是基礎性的，甚至是決定性的。如果1～3年周期的輪作難以實現，至少也要避免年內連作，當然，采取適合本地區的復種制度是最好的選擇，比如，在洛陽溫室中可采取冬芹菜一早春黃瓜一夏豆角一秋延遲番茄的四作四收高效模式。
選取抗病品種
如西粉3號B型、蘇抗5號、蘇抗11號、滿絲、粵勝、強豐等品種，抗（耐）藥性都不錯。同等條件下，易選取早熟、窄葉的番茄品種，有資料顯示，這類品種發病較輕于高株、大秧、大葉品種。
種子處理
茄鏈格孢菌可附在番茄種子上，但不耐熱，52～55℃的熱水20min即可殺死它。如果干熱消毒，72℃下干熱72h效果更好。另外，也可用100倍福爾馬林液浸泡20min，效果也不錯。
棚室消毒
及時清除田間病殘體，進行消毒，通常用45%百菌清煙劑250g/667平方米熏蒸。若是秋茬栽培，可結合進行悶棚，連悶3d，溫度達到60℃時，持續1～2d即可。
營養土配置
肥沃田園土∶有機肥=6∶4過篩，每立方米加入過磷酸鈣1～2Kg，草木灰5～10Kg，磷酸二銨1～1.5Kg，50%多菌靈粉劑80～120g或5%百菌清粉劑120g。播種后，用百菌清與多菌靈混合藥土8～10g/平方米作蓋土（藥土配制方法為：1份藥劑與30份細土摻勻后即可）。
巧治措施
生態防治
早春茬定植時，晝夜溫差大，相對濕度大于80%，利于早疫病的發生與蔓延，應重點調控好溫濕度，尤其定植初期。澆水后及時放風，有條件的可采取暗灌或滴灌形式，連陰天要加強管理，預防雨水倒灌。另外，種植密度不可過大，灌水不可過多，基肥要施足。
化學藥劑防治
早疫病易防難治。因此，應重“防”巧“治”。定植前用1∶1∶300的波爾多液對幼苗噴淋，然后再定植，這樣，既節省農藥與時間，又有較好的防治作用。7～10d后再噴1次。如果已經發病，則可選用50%撲海因可濕性粉劑1000～1500倍，80%大生可濕性粉劑600倍液，50%里利得可濕性粉劑800倍液，70%代森錳鋅500倍液進行荮劑防治。遇連陰天，可用45%百菌清煙劑250g/667平方米或5%百菌清粉劑1000g/667平方米，9天1次，連噴（施）3～4次。此外，瑞枯霉900倍噴霧，防效可達86.4%，而由重慶神農公司推出的防旱疫混合液（圣農素1袋10g＋硫酸銅25g＋食鹽50g＋食醋100g＋水15Kg）效果也更好些。防治竅門化學防治時，如品種抗藥性較強，藥劑濃度可適當加大，但一般不要超過理論濃度的 2倍藥液。今交替用藥往往比單一用藥效果明顯，代森錳鋅在實際應用時表現不穩定，與撲海因交替使用，效果更好。另外，日本或德國的藥劑效果要優于國產藥劑，這主要因為其成分更復雜一些，可殺滅更多的生理小種。若種植面積不大，病斑不是特別多時，可用50%撲海因可濕性粉劑配成180～200倍油劑，涂抹病部，效果更好。該病的病原菌最佳發育溫度26～28℃，與番茄生長白天要求的溫度區段重合，但該病原菌還要求必須是在高濕環境下病原菌才能萌發，其分生孢子亦是隨氣流、雨水傳播，故控制溫室的高濕環境有利于抑制早疫病發生。今為提高植株抗病性，通常噴施以KH2PO4為主要成分的葉面肥，一般在上午9∶00左右噴施，然后迅速通風排濕。早疫病常始發于結果初期，盛發于結果盛期，為避免減產，可在防治同時用0.1%的乙烯利處理，進行催熟，發病嚴重的可摘下青果用0.2%乙烯利涂抹或浸泡催熟，從而減輕病害對產量的影響。
